在实际应用中,尤其是sequence数据,应该尽可能避免把整个文件读入内存,文件有可能几个G甚至更大,可能引起内存崩溃。应该放在数据库里,建索引以检索数据。Bioperl有一个module, Bio::DB::Fasta可以实现这个,这个模块在没有安装bioperl的情况下也可以单独安装使用。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong