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YuLab论文发表
YuLab软件开发
ChIPseeker
- CS0: ChIPseq从入门到放弃
- CS1: ChIPseq简介
- CS2: BED文件
- CS3: peak注释
- CS4：关于ChIPseq注释的几个问题
- CS5: 吃着火锅，唱着歌，还把分析给做了
- CS6: ChIPseeker的可视化方法
- CS7：Genomic coordination的富集性分析（1）
- CS8：Genomic coordination的富集性分析（2）
- CS9: GEO数据挖掘
- CS10: 八卦终结版
- CS番外1：如何定义下游的区间？
- CS番外2: 过滤ChIPseeker注释结果
- CS番外3：更好用，更稳定的upsetplot + vennpie
- CS番外4：自定义注释分类
- ChIPseeker其实支持顺反组的各种测序数据
clusterProfiler
- clusterProfiler for enrichment analysis
- why clusterProfiler fails
- 为什么画出来的点比指定的数目要多？
- DAVID分析结果转为enrichResult
- DAVID functional analysis with clusterProfiler
- enrichDAVID支持自定义背景
- SCIENCE文章用了DAVID被吐槽
- Comparison of clusterProfiler and GSEA-P
- 听说你有RNAseq数据却不知道怎么跑GSEA
- leading edge analysis
- 单篇引用超过500了，来了解一下
- use clusterProfiler as an universal enrichment analysis tool
- 功能注释后如何做富集分
- msigdf + clusterProfiler全方位支持MSigDb
- 做学术终究是看脸…
- 软件虽然好用，但没发在高影响因子的期刊上，给你们丢脸了！
- 你那一串差异基因，到底是在哪个组织、哪种细胞中富集？
- 听说富集分析有个概念叫Fold Enrichment
- 拟南芥富集分析
- clusterProfiler事后丸: 转换ID为SYMBO
- 富集分析事后丸：过滤数据
- 用dplyr动词操作富集分析结果
- clusterProfiler优化: 以更快的速度进行GO分析和GMT文件解析
- 使用clusterProfiler对非模式植物进行注释
GO
DOSE
emojifont
enrichplot
ggimage
- ggimage：ggplot2中愉快地使用图片
- geom_pokemon: 使用pokemon画图
- 大开眼界+多图慎点：Pokémon x NBA and other fun with ggimage
- 你的专业是那一只Pokémon神兽？
- 纯代码生成banner
- 我的名字和我的姓氏
- 正经的图千篇一律，不正经的叔万里挑一
- 饼图版气泡图
- 转发5个群，Y叔送你一顶帽子
- 用图片当ggplot2画布
- 2018世界杯专属图层
- 每周一图之粉丝来袭～
- ggimage的一波用户图秀
- 看代码学画图 - Nobel化学奖的获得者多半投胎在那些国家？
- 用图片来画图，还带美图效果哦！
- geom_bgimage
- 让我们画个黑板报吧
- shit，拟合的残差这么大！
- ggimage开始画不会变形的图了！
- ggplot2版本的 –> 耗子尾汁
gglayer
ggplotify
ggtree
- Ask me anything about ggtree
- 当年ggtree发布文，为整合数据而生！
- ggtree无根树及注释
- 无根树中加入枝长图例
- ggtree画根分支
- phylip树格式
- ggtree版本的plotTree
- align genomic features with phylogenetic tree
- ggjoy facet with ggtree
- reproducible logo generated by ggtree
- 用ggtree重现Figtree的示例进化树
- ggtree for microbiome data
- ggtree for outbreak data
- ggtree支持phylog对象
- ggtree画层次聚类
- 用户数据注释进化树
- 改变outgroup的枝长
- 使用自己的数据来给进化树上色
- bootstrap分段标记
- ggtree中标记树分支？
- xlim_tree: set x axis limits for only Tree panel
- reverse time scale
- vertical dendrogram in ggtree
- 中空的环形树
- 可视化操作树的拓扑结构
- ggtree - updating a tree view
- facet_plot: 加图层到特定的分面上
- facet_plot：加图层到特定分面，方法二
- facet_plot: 关联数据和进化树的通用方法
- facet_plot更改panel label
- 同时让N颗树关联同一个数据集
- 漫画版的进化树你见过吗？
- 取子集画图
- Y叔不想养蛙，只想养你！
- 用图片注释进化树
- 当生物女博士遇到小学二年级语文作业
- identify: 交互式操作进化树
- plotly: 交互式探索进化树
- ggnetworx：让ggtree支持phylogenetic networks
- ggtree买家秀
- ggplot2 - 更改分面的相对宽度
- 听说你想画好几颗树在一起
- 倒不如画一些渐变色的线条吧
- python的世界里没有这么好的工具！
- 风儿啊，它吹乱了我的头发
- ggtree在线书
- 进化树和基因组结构
- ggtree所支持的各种树的布局
- 进化树上随意选几条边来上色
- 进化树上随意选几条边，换线条类型！
- 听说你想在系统发育树上随意加个点？
- 这么多年了，终于有个故事可以讲
- 对ggplot2指定的分面，任性调整xlim和分面宽度！
- 给不同的分面分别设置x label？
- 度量生物多样性
- 进化树与序列的距离矩阵
- 画两颗面对面的树，还要分别加注释！
- 对进化树的分支长度做数据变换
- 一个legend伪装成三个，服气！
- 听说你想给线条画个边框？
- 纯文本的进化树
- 用ggtree画思维导图，小白也能学会！
ggtreeExtra
hexSticker
ReactomePA
rvcheck
scatterpie
seqcombo
tidytree
treeio
yyplot
- Y叔的新玩意–yyplot
- 一次解决ggplot2所有字体
- 映射变量给axis上色
- pubmed年度趋势，你的开题报告需要它！
- ggplot扩展学习笔记–逐行解析Y叔的”geom_ord_ellipse.R”
- 轻松生成专属于你的二维码
- 用par设置ggplot2参数？这个可以有！
- ggplot2版本的维恩图
R
- 听说你想学R？
- 无中生有windows版R包
- 你所不知道的，R的N种打开方式
- radian: 用python写的，号称21世纪的R终端
- VSCode里愉快地使用R
- 忘掉Rstudio，来用VSCode愉快地进行R远程开发
- R kernel in Jupyter notebook 3
- R的全新IDE
- 遇到这样的坑，那是相当的无助！
- R的诡异事件
- R里的赋值符号？
- 你的数据被化了妆？
- R总给我惊喜
- 听说你R脚本中的数据丢了，图出不来！
- 逼着老狗学新把戏
- Windows用户如何无痛升级R
- 不用biocLite安装Bioconductor包
- 如何用bioconductor进行注释
- Bioconductor的注释包太旧怎么办？自己做呀
- 听说你画的图，线条不见了
- 欧式距离如何应对缺失值？
- 史前人类怎么使用R
- 《R语言数据可视化之美》 – 画面太美
- 有个浏览器就可以调戏一下R
- 花式打水印
- 安卓上使用R语言
- R-3.6 – set.seed
- 呈现数据交给R，修图只会PPT！
- 快上车，该学R了
- windows用户, 截屏新手段
- grid版小蛋糕
- 学习base也很重要
- 你有一封来自data.table作者的邀请信，请查看！
- R画图已入门，怎样进阶？
- 你只有一个系统，却要在多个平台上测试你的R包
- 为了提交R包，我构建了个多版本的R开发环境
- R-4.0.0版本怎么更新
- R包安装之我的地盘我没权限
- 如何安装被CRAN删掉的R包
- 忘记awk吧，dplyr它不香吗？
- R语言冷知识，为什么赋值要用<-
- HOME不是你的家
- R选择速度最快的镜像
- RStudio中添加管道操作符|>快捷键
- R小贴士
- 烂代码解读，学一学怎么写出让别人（可能还有自己）看不懂的代码
Introduction to Scientific Programming and Simulation Using R
R包介绍
- 魔镜魔镜告诉我 - 那里的水管最粗大
- 食色性也
- R包辣鸡之CorMut
- 来自R的桌面提醒
- 有魔性的图来一发
- 听说你用R把证件照给一键换底了
- 用R画一只恐龙？
- basicTrendline：CRAN最新发布的线性非线性拟合的R函数包介绍
- clifun: 在R里装装逼
- mathart：一个富有逼格的R包
- 用R玩一个小游戏吧！拖延症的老毛病又犯了！
- learn R wisdom with fortunes
- 画图？倒不如手绘吧！
- 我不会用illustrator，只会用ppt！
- 在剑桥的那一周，我写了一个R包
- 听说你还不会画动图
- 爆炸型的饼图
- 把你用R画的图（base或ggplot2）变成ASCII纯文本
- 不想画彩图了，用纹理填充吧，省掉好多版面费
- cowplot乃旧爱，patchwork是新欢
- base plot出的图，富有时代感！这个包，让你穿越回9102！
- ggfree:试图让你摆脱ggplot2
- 跑了R代码，文章不会写，怎么破？
- 首发！决策曲线分析R包：ggDCA
- flametree学习
- 可别再说base plot不能图形语法！
- 听说你用的函数又撞名了？
- 彩图变轮廓，小朋友再不缺图片涂色了
- 拥有立体字效果的一大波火山图正在向你走来
- 在R中对分子结构进行3D可视化
- crosslink: 分组数据关联关系的网络可视化
- 听说你画图存为PDF多了一页白纸
ggplot2
- Use ggplot2
- ggplot2作图25招：《R入门25个菜谱》中所有图片的ggplot2版本
- 解锁新姿势，万物皆可分面
- 听说你想学ggplot2？我推荐几篇文章给你
- 不需要花时间去学ggplot2主题系统
- 代码无感者的福音，小白也能ggplot2画出高大上的图
- 可交互注释你的ggplot图
- ggplot2字体溢出的那点破事
- 根据GTF画基因的多个转录本结构
- 如何画类似MEME的注释序列
- Q-Q plot
- 邪恶的曲线
- 画一个印象派的蝙蝠吧
- 什么！你的图上有一双看不见的手
- 坑无处不在，以ggplot2的一个坑为例
- ggplot2设置可视化窗口
- ggplot2画图，文本太长了怎么办？
- 画图给点分组?
- 怎样用HOMER算出的P-value画出CNS级别的泡泡图？
- ggplot2 - 3.0.0版本的新功能
- ggplot label placement
- 图层中的统计量，你自己说的算！
- 根号2的几何作图
- 画点之组内再分组
- 论一张ggplot图是怎样炼成的 - 从小白都会画到逼格十足是如何一步步产生的？
- 用散点可视化一个矩阵
- ggplot2给选定的分面加背景
- 同一数据多变量分组的boxplot?
- ggplot2改legend title
- ggplot2小技巧-数据没有，函数倒是有一个
- 我为什么是个ggpubr黑？
- 活人不能让尿憋死，自动出来的图例不好调？自己徒手画一个！
- ggpaired？汤姆猫说no no no
- hadley大神给大家布置作业了，用ggplot2画一张图！
- 画个妹纸，交个作业
ggplot2扩展
- ggupset – ggplot2版本的upset plot
- 按地理位置分面
- ggplot2分面之像素艺术
- ggridges：一种波涛汹涌，哦不对，是山峰叠峦的可视化方式
- 再见joyplot
- 一条指令把统计+画图都给做了？似乎太美好！
- 用ggplot2画3D
- ggplot2的3维画图时代
- 你画的图有水果的味道，让我咬一口好吗！
- ggtext: ggplot2支持富文本
- ggVennDiagram 诞生记
- ggVennDiagram 的新生
- （翻）云（覆）雨图
- ggstar与ggsymbol的一些原理介绍
- ggsymbol让点图样式更加丰富的R包
- 用ggplot2出GraphPad prism的图
热图专辑
新冠病毒 nCov2019
- 检索疫情数据的R包来了
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- 用Dash做一个新冠疫情监测仪表板（dashboard）
- 一个监测各省市新冠状病毒疫情的网站
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统计
生物
ROSALIND
神器系列
操作系统及软件
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C++
Y叔生活篇
硕博士的那点事
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- 博士版2048，不服来战！
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- 港校申请指北：考研考博失利之后的另一选择
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- 站在PhD的大门前
- 你怎么看：生信不就是按按键盘的事么？
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- 考研党不用学专业课吗？-之二
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- 你还在愁毕业？隔壁小哥的300行R脚本，发了SCI，毕业了！
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学术八卦
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