Scientific Report上有一篇文章是抄袭的，然而杂志最终决定不撤稿，而被抄的人是Johns Hopkins的，于是jh的人全都要离开Scientific Report的编委。我也被人抄了不撤稿，然而我人微言轻，不单被编辑部欺负，还要被我们国内生信界的网红欺负。
SR与jh的事情，我和BMC的故事，是相似的，我们可以想像这样的学术界惨剧比想像中的要多。学术圈，真是有时候得呵呵哒。
we’re talking about people who already are skating on the ethical edge (as scientists, we should always respond to serious criticism; if we don’t, that’s bordering on ethical violation already) – Andrew Gelman对此事的评论
我原以为邓岳是个学生，我的本意是要给他一个教训，制止这种行为，我不出来给他这个教训，早晚他也会为自己的投机付出代价，而且如果以后出现多次抄袭，直接会导致无法继续在学术界生存。后来我发现他还是个讲师，我觉得更不应该了，编辑部必须要对这件事做出处罚。这就是我的本意，让邓岳认识到错误，并为此付出应有的代价。
搞得我像祥林嫂一样到处找人说
然而编辑一直不做为，就逼得我只能借助于舆论，我本无意于去网上传播这件事，我写的博客，都是针对编辑部，最后我对编辑提议的处理方式表达不满之后，编辑就消失了，再也不回应邮件。我只能再写博客，再发动舆论，联系之前高调出来说撤稿了43篇文章的那些编辑，推特上也骚扰他们。微博上也AT西电官方微博，求转发之类的。虽然我没有想去闹大事情（尼马我也不想花时间扯这些蛋啊），但BMC就是逼着我跟他斗，而事情闹越大，对抄袭的人来说，越是不利，搞不好学术界就不用混了。谁都不傻，所以终于坐不住给我写信。
其中说到“1、2月份和您邮件沟通”，只是说了按照CRAN policy改了代码，并把我列为作者，而后面我回应把我名字从软件包作者中去掉而已。
他的邮件大概讲了和编辑并无操作，软件包已经按要求更新，犯错是源自于无知。
这事最后怎么处理？
50%的利润,它就铤而走险；
100%的利润,它就敢践踏一切人间法律；
300%的利润,它就敢犯任何罪行,甚至绞首的危险.
–马克思 《资本论》
ppiPre抄袭GOSemSim，然后我发现他还发了一个叫HPOSim的R包，又是语义相似性度量，我的第一反应是必须还抄我的，他要是有能力写出来，就不会抄GOSemSim了。然而我看了一下代码，确实不是抄我的！这他妈就奇了怪了!
必须还是抄的！
做语义相似性度量也就那么几个包，我看了一遍之后，发现HPOSim抄了DOSim，你妹啊，用心良苦，同样/相似的东西换不同的包来抄！抄袭惯犯了，事实证明，走捷径的人，是不可能好好走路的，一旦尝到了甜头，必然是铤而走险！
以下两个截屏，大家感受一下，左边是HPOSim，右边是DOSim：
抄袭的是西安电子科技大学的讲师，靠着两三篇抄袭的文章，已经是副教授了。
这种抄袭的事情就应该暴光，这个事件中，更可恶的是BMC，BMC这种保护抄袭的行为更应该暴光，大家不要再给BMC送钱了，还不如发PLoS One。
公众号有人评论说：
这竟然也被捕捉到了，确实他在2012年的时候，就在copy我的代码，然后打R包的时候，还请教了我：
抄了我的代码，之后厚颜无耻地感谢我说学了很多东西，他的良心真的不会痛吗？
编辑部的恶才是最大的恶！
大家是否还记得2015年BioMed Central高调地撤稿了43篇文章，站在道德制高点对审稿过程进行了指责，吐了学术不端一脸口水？
就在这个时候，我写信去BMC Systems Biology告别人抄袭，编辑部信誓旦旦，他们对这种事情是非常认真对待的，然而接下来的剧情却反转了，在我证据甩他们一脸的时候，他们拖着不处理，拖多久呢，超过1年！一直在给抄袭者洗地，最好在没有告知我的情况下，静悄悄地出了个所谓的erratum。
erratum是什么？字典里这样写：
erratum |ɛˈrɑːtəm|
noun (pl.errata |ɛˈrɑːtə| )
an error in printing or writing.
我告的是抄袭，plagiarism:
plagiarism |ˈpleɪdʒərɪz(ə)m|
noun [ mass noun ]
the practice of taking someone else's work or ideas and passing them off as one's own.
结果plagiarism到了编辑部那里变成了erratum.
ppiPre抄袭了GOSemSim的代码，证据当然非常充分，比对一下代码就知道了，我在Proper use of GOSemSim一文中，做出了一些比较，另外也可以参考github页面，github记录了ppiPre被暴光抄袭之后所做的修改。 从我给BMC Systems Biology的编辑反馈这件事开始，在这铁板钉钉的事实面前，编辑拖了整整一年，而这一年时间过去了，ppiPre仍没有被编辑部受理。从最早反应这件事情，编辑信誓旦旦说他们很重视这种事情，到后面对我的邮件视而不见，我愿意相信编辑部处理这些事情，需要时间，他们有自己的规则，但一年的时间，不回邮件，冷处理以淡化此事，这绝对不是应该有的规则。 在编辑一直无视我的情况下，我写出了Proper use of GOSemSim一文，列举了一些一模一样的代码，并告知CRAN，当ppiPre被CRAN移除时，我写信给编辑，这时候，编辑告诉我说他们准备要去联系作者了，这时候已经过去半年了，是的！你没有看错，半年过去了，编辑说他们还没去联系作者！我是不相信的。必然是联系了之后，有某些不为人知的原因，所以编辑态度反常，对抄袭这种打鸡血的事情，不断在打太极。
再过二个月，ppiPre的作者邓岳给我写了信：
从2011年1月我就在实验室的QQ群里发群邮件说IPI关门，时至今日，已经关门3年了，主页上一直停留在关门大吉的那一刻。
我不断在邮件里, lab meeting上强调要换成uniprot来搜库，然而时至今日，依然还是有很多的人在使用IPI，想想真可怕，实验室真是100年不更新一下数据啊。 另外一个我非常讨厌的就是GI号，它压根就不是正儿八经的ID号，但他们从来就不愿意尝试改变。
比如上面这个蛋白质序列的FASTA文件，注释行有很多信息，比如：
>gi|16128001|ref|NP_414548.1| putative transporter [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 显然搜库时可以使用NP_414548.1做为ID，这个问题我说过N多遍，但他们一定会用他们惯用的gi|16128001来做ID。
问题是很明显的：
GI number (sometimes written in lower case, “gi”) is simply a series of digits that are assigned consecutively to each sequence record processed by NCBI. The GI number bears no resemblance to the Accession number of the sequence record. The GI number has been used for many years by NCBI to track sequence histories in GenBank and the other sequence databases it maintains.
