第一次写软件包,计算基因和GO的语义相似性。

实现Wang的方法,基于GO的图结构。 以及四种基于信息含量的计算方法(Resnik, Jiang, Lin, Rel)。

可以从Bioconductor下载到。 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GOSemSim.html http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/GOSemSim.html

支持human, rat, mouse, fly, yeast, zebrafish,worm, E coli, arabidopsis等物种。

下载量统计如下:

Citation

Yu G, Li F, Qin Y, Bo X*, Wu Y and Wang S*. GOSemSim: an R package for measuring semantic similarity among GO terms and gene products. Bioinformatics. 2010, 26(7):976-978.