1月

很多人在网络上寻找帮忙而得不到帮助,通常是自己的问题,不要做伸手党,没人欠你一个答案。

2月

我给pheatmap加了个输出为pheatmap对象的功能,再给ggplotify写个方法,让pheatmap的输出转为ggplot,这样就可以不需要grid的知识也可以愉快地进行拼图了。

PS: 之前的版本,也是可以拼的,但你需要一点grid的知识。

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很多人用ggpubr,其实应了那一句「越低俗越舒服」的话,无非是因为用起来简单,当然还有另一个因素,是很多公众号搬运了ggpubr的文档,而这些写公众号的,多半也是半吊子水平而已,根本没有分辨的能力。

之前有水生所的小伙伴,在朋友圈发了自己的代码调不好的状态,我评论了一下。

引出了一个text_grob的问题,这就是我说的制造混乱,把gpar几个参数放到gpar外面提供给用户。

我不知道你们看出问题在那里没有,这个text_grob相对于被封装的textGrob没有提供任何额外的功能,而这个封装就等于把gpar的参数给写死了,你想调别的参数,没门,除非你用回textGrob。真是一手好包装。

有人说它有好配色

显然是包装的,特别是说什么杂志的配色。

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Thomas Lin Pedersen简直是个天才,最近patchwork动作很大,看到我都准备转投它的怀抱,把旧爱cowplot给扔了。

我们知道patchwork一出来,就推出+号来拼图,最近又搞出了|/两个操作符。让整个拼图看起来很舒服。

先来画几张图:

library(ggplot2)
p1 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_point(aes(mpg, disp)) + 
  ggtitle('图一')

p2 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear)) + 
  ggtitle('图二')

p3 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_point(aes(hp, wt, colour = mpg)) + 
  ggtitle('图三')

p4 <- ggplot(mtcars) + 
  geom_bar(aes(gear)) + 
  facet_wrap(~cyl) + 
  ggtitle('图四')

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ChIPseeker是为ChIP-seq所设计的,因为当年我在做ChIP-seq,一不小心就写了这个包,然而我的知识是有限的,这名字取得太过于限定在ChIP-seq了,其实顺反组的其它类型的测序技术都是支持的,包括DNase-seq和ATAC-seq,此处为了说明我当前的知识是有限的,必须强调不仅限于此,免得出现开头说的这种尴尬。

8月份去开会,有中大肿瘤医院的PI跟我说,他们希望ChIPseeker可以支持ATAC-seq,因为我的ChIPseeker太好用了,然后他们想要用在ATAC-seq上,然而我的包真的是支持的啊。

哈佛大学的网站上有一份ATAC-seq分析指南[1],就明确地写了,ChIPseeker虽然是为ChIP-seq所设计,但对ATAC-seq一样支持得非常好,并且把ChIPseeker列为这份指南的关键步骤之一。

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出错的原因在于,我根本就没给GSEA分析的结果写barplot方法,所以默认去调用graphics::barplot.default了,于是出错。

但这样的图,对于我们来说,简直简单的不要不要的。

首先跑一下GSEA的分析, 这里用ReactomePA来跑一下通路的GSEA分析:

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou