安装Amos

Amos是纯于比较难安装那种，因为依赖关系比较复杂。

首先编译需要qt4-dev和boost graph toolkit：

sudo apt-get install libqt4-dev
sudo apt-get install libboost-graph-dev

再者是perl模块：

sudo cpan -i DBI
sudo cpan -i Statistics::Descriptive

还有一些第三方的软件MUMmer和BLAT，MUMmer可以通过apt安装：

sudo apt-get install mummer

但BLAT则需要自己编译：

wget -c https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip
unzip blatSrc35.zip
cd blatSrc
mkdir -p ~/bin/x86_64
make 'MACHTYPE = x86_64'
sudo mkdir /opt/blat
sudo cp ~/bin/x86_64/* /opt/blat/

安装好再把/opt/blat加到$PATH中。解决了各种依赖关系就可以准备安装：

./configure --prefix=/opt/amos
make

g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../..  -I../../src/CelMsg -I../../src/Slice -I../../src/Common -I../../src/AMOS -I../../src/GNU -I../../src/Foundation   -g -O2 -MT find-tandem.o -MD -MP -MF .deps/find-tandem.Tpo -c -o find-tandem.o find-tandem.cc
find-tandem.cc: In function ‘int main(int, char**)’:
find-tandem.cc:245:3: error: ‘optarg’ was not declared in this scope
   optarg = NULL;
   ^
find-tandem.cc:247:63: error: ‘getopt’ was not declared in this scope
   while (!errflg && ((ch = getopt (argc, argv, "f:u:l:x:m:k:h")) != EOF))
                                                               ^
find-tandem.cc:260:55: error: ‘optopt’ was not declared in this scope
         fprintf (stderr, "Unrecognized option -%c\n", optopt);
                                                       ^
Makefile:918: recipe for target 'find-tandem.o' failed
make[3]: *** [find-tandem.o] Error 1
make[3]: Leaving directory '/home/labuser/ygc/amos-3.1.0/src/Align'
Makefile:325: recipe for target 'all-recursive' failed
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/labuser/ygc/amos-3.1.0/src'
Makefile:306: recipe for target 'all-recursive' failed
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/labuser/ygc/amos-3.1.0'
Makefile:244: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

结果还是报错，但原因非常明显，就是没有定义getopt，于是修改find-tandem.cc

mg src/Align/find-tandem.cc

加入：

#include <getopt.h>

再次make，则整个世界清净了

make
sudo make install

安装后把/opt/amos/bin加入到$PATH中去即可。

2018年更新

上面是我在2015年安装Amos的过程，实验室的机器用的Ubuntu，过程还挺繁琐，因为依赖还蛮多的，对于现在用Arch的我来说，就再简单不过了，因为Arch的AUR上几乎啥软件都有。

aur/amos 3.1.0-3 (+2 0.00%) 
    A modular, open source whole-genome assembler

要安装Amos，只需要一条指令：

yay -S amos

安装Amos

Guangchuang Yu