DNA序列差异作图


这是高老师文章里的图，每一个小图都是通过比较两条比对序列差异而做出来的，从图A和B中可以看出，CF_YL21有可能是Mont和Oz两条序列重组而来。高老师自己做出这图后，深知手工统计序列差异、画图、拼图之困难。问我有没有办法读两条序列，生成一个图。

很多东西都没有现成的，需要自己造轮子，于是我写了个R包来做这个事情：

library(seqcombo)
fas = list.files(system.file("examples","GVariation", package="seqcombo"), 
pattern="fas", full.names=TRUE)
x = seqdiff(fas[1])
plot(x)


一行代码读文件，然后plot画出来，就是这么简单。

这里有三个文件，我们可以三个文件一起读，三个图一起画。

x = lapply(fas, seqdiff)
plts = lapply(x, plot)

然后可以很容易把三张图拼在一起

plot_grid(plotlist=plts, ncol=1, labels=LETTERS[1:3])

简直完美，跟文章中的图一毛一样。

这个包我取名seqcombo，90后大概不知道何为combo，如果你知道，没错，说的就是你，你已经暴露年龄了！因为这个图是可以辅助看序列重组的，所以取这个名字，以后有可能的话，再实现一些其它的可视化方法，起码得有三把刷子，才对得起combo这名字。