vertical dendrogram in ggtree

https://twitter.com/kurai_yousei/status/799532564633518080

这个Diego在推特上问的问题，他最近在写一个motiftools的R包，里面用了ggtree来画图，我想他应该是要解决他在包里的画树/聚类功能吧。

他问题写的horizontal，但其实plot.hclust默认是vertical，ggtree默认也是horizontal，所以我认为他问的是vertical layout，这个在我的回答中也得到了他的确认。

> require(ggtree)
> set.seed(123)
> tr = rtree(30)
> ggtree(tr) + scale_x_reverse() + coord_flip()

这个问题很简单，无非是坐标轴翻转而已。于是上面的代码，就得到下面的图：


ggtree支持多种布局(layout)，rectangular（上面这种就是，父节点到子节点由90度折线连接），slated（父节点到子节点由直线连接）， circular（圆圈型，父节点到子节点的连接方式可以是rectangular也可以是slanted），fan（顾名思义-扇子型，也可以理解为有开口的圆圈，实际上ggtree提供了open_tree函数，可以把circular的树转变为fan layout），unrooted（无根树，连接方式是slanted，但没有根节点，所以可以说有些说圆圈型，但没有中心），还有二维树（把y轴利用起来，可以映射到节点的phenotype或者是统计推断的估值）。

上面提到的这些布局，都可以有画phylogram或cladogram，差别在于phylogram有branch length而cladogram没有。而在层次聚类中，做的是聚类，而不是进化树，这是不同的概念，所以画出来的图相似，但却是不一样的东西，所以聚类分析的图叫dendrogram，像上面这个图，就是典型的dendrogram画法，显然看着和进化树是没什么差别的，只不过进化树一般从左到右画，而dendrogram画这种从上到下的形状还是比较常见的。虽然是不一样的东西，但从画图的角度来看，dendrogram和rectangular layout的phylogram/cladogram是一样的。所以要问ggtree能不能画dendrogram的形状，当然可以，要问能不能从上到下，当然可以，无非是坐标轴颠过来倒过去而已，就算你要画出从下到上，从右到左，都是没有问题的。