dotplot支持使用formula指定x轴变量

使用barplot来展示富集分析结果是很常用的，而dotplot比较barplot来说，多了一个点大小的信息，可以比barplot展示多一个信息，所以是比较推荐的，我之前已经写了《dotplot展示富集分析结果》和《dotplot for GSEA》两篇文章，dotplot虽然简单，很多人会觉得会容易用ggplot2画出来，但其实有些细节，比如《为什么画出来的点比指定的数目要多？》，有些技巧，比如《搞大你的点，让我们画真正的气泡图》，是很多新手所不具备的，图虽然简单，但老司机的飚车技能也不可小看哦，所以我在《听说你也在画dotplot，但是我不服！》的文后就说了一句话：

clusterProfiler之所以好，因为真的考虑了很多细节！请放开那图，让clusterProfiler来画！

在对于细节上的追求，是永远没有止境的，下一个版本的dotplot，会使用我的《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔》，这一版本也有新功能加入哦，还是那句话，图虽简单，但细节是可以不断打磨的，给用户更好的能力、更大的自由度去呈现结果。

下一个版本的Bioconductor会在5月1号发布，如果想尝鲜，可以参考《安装enrichplot及升级clusterProfiler》进行安装。

今天要介绍的新功能是对于x轴的变量，你除了指定特定的变量之外，你还可以使用formula，也就是基于（一个或多个）变量衍生的变量。比如说，你不想用GeneRatio或Count这些做为x轴，而是想要GeneRatio/BgRatio，再比如你想要用-log(p.adjust)之类的，都可以。

library(DOSE)
data(geneList)
de = names(geneList)[1:100]
res = enrichDO(de)
require(enrichplot)
dotplot(res, x = ~GeneRatio/BgRatio)
dotplot(res, x = ~ -log(qvalue))

除了上面的实例之外，你还可以试试别的。比如我在华大的报告中看到他们用RichFactor来做为x轴变量，在华大的文档中RichFactor是这样定义的：

RichFactor指差异表达的基因中位于该pathway条目的基因数目与所有有注释基因中位于该pathway条目的基因总数的比值，RichFactor越大，表示富集的程度越大。

那么我们怎么来画呢？结果中有Count对应的就是分子，而分母是没有直接对应的变量的，但可以用BgRatio * N来得到，这里N是所有有注释的基因总数，也就是BgRatio这个变量所显示的分母，我们只要BgRatio的分子就可以了。

这里说得似乎有点绕，比如下面这个疾病描述：

                       ID                   Description GeneRatio  BgRatio
DOID:0060071 DOID:0060071        pre-malignant neoplasm      5/77  22/8007
                   pvalue     p.adjust       qvalue
DOID:0060071 1.671524e-06 0.0006401937 0.0004609887
                                                                        geneID
DOID:0060071                                          6280/6278/10232/332/4321
             Count
DOID:0060071     5

RichFactor的分子是差异基因中对应的数目5，而分母是对应于这个疾病的所有有注释的基因总数22，也就是BgRatio = 22/8007的分子。

那么我们怎么用RichFactor来画图呢？请试试下面的代码，看到这里，你应该知道你可以用各种各样的衍生变量来做为x轴画图了，dotplot函数给了你更大的自由，提供更多的灵活性。

N <- 8007
dotplot(res, x = ~Count/(BgRatio * N))

富集分析、结果展示，请认准Y叔牌的clusterProfiler系列包！

dotplot支持使用formula指定x轴变量

看完还想看

Guangchuang Yu