R 3.5.0已经发布了，我昨天已经更新了，Bioconductor也将在5月初发布3.7版本，就我个人而言，新版的Bioconductor主要有以下一些新东西：

enrichplot

新包enrichplot，《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔 》，以后clusterProfiler系列出图更好看了，而且所有图你都可以用cowplot拼图。

treeio

《treeio: 进化树基础类和方法》，treeio把ggtree读树的功能分离出来，重写了很多代码，现在更少的类定义，代码更加稳健，然后两条腿走路了，不单单可以读，还能写BEAST兼容的文件，也就是说你可以拿它来转换格式，把树和相关数据写出为单一文件。另外还支持了读edge list为树对象，比如通过igraph::graph.tree产生的图，你也可以用treeio转成phylo或treedata对象，然后用ggtree可视化了。

ggtree

ggtree对图片的支持功能，被切分到ggimage包里。现在ggtree对图片的支持更易用，更好了。不信请看《Y叔不想养蛙，只想养你！》一文的演示。

回到更新的问题，这次R是必须要更新的，它整合了ALTREP (Alternative Representations for R Objects)，现在内存占用更少，速度提升也很明显。更新软件，我之前写的《软件更新大法》是必看的，无痛升级。再者升级之后，你所有R包都要重新升级安装，那么用我的rvcheck包，《Update R packages》，它可以更新你所有的R包，CRAN, Bioconductor, GitHub通杀。一条update_all()指令，让升级变得很安逸。