ggtree画树是不带root edge的，之前在《中空的环形树》一文中，有用户想要加长长的root edge，这样变成环形树的时候，就可以用这个root edge把树给顶出去，这个我给出的解决方案是留白，大家可以回过去看那篇文章。

然而root edge在某些时候还是需要的，我其实也一直有要写的想法，不过因为不是特别需要的东西，一直也就放着，刚好最近有用户在feature request，想要画root edge，于是我就实现了geom_rootedge图层，当你加这个图层的时候，root edge就自动画上去了。

# A phylogeny with a long stem
phylo <- ape::read.tree(text = "(A:1,B:1):20;")

# Plot the phylogeny with the long stem with its stem visible
ape::plot.phylo(phylo, root.edge = TRUE); ape::add.scale.bar()

假设有一颗root edge非常长的树，用ape画出来是这样子的：

现在用ggtree的geom_rootedge，同样可以把root edge画出来。

ggtree(phylo) + geom_rootedge() + geom_treescale(-15, 1, offset=0.01, width=.5)
ggtree(phylo) + geom_rootedge(3) + geom_treescale(-2, 1, offset=0.01, width=.5)

默认使用newick tree里面root的edge length，比如上面(A:1,B:1):20;中的20，如果没有这个数值，那么你+geom_rootedge()就啥都不画。

当然没有这个数值，或者有数值但你不想用，也是可以的，通过指定数据，如上面例子中的+geom_rootedge(3)，你可以指定画一定长度的root edge画出来。

上面两行代码画出来的图如下：

这个图层在>= 1.13.0.006以上版本可用。