pheatmap我其实用的次数不多，但在帮别人解决一些问题之后，比如：

我发现这包的交互能力是比较差的，它就像传统的plot函数一样，命令一打下去，就直接画图，虽然它其实是有输出的，但事实上超出了一般用户的理解能力，它的输出，比如说可以用cowplot来拼图，我在上面链接的那篇文章中皆来演示，然而很多人问我，怎么把pheatmap画的热图和ggplot2的图，用cowplot来拼。这就是因为拼图的方法超出了很多的理解范围，看过演示，也只能照猫画老虎，过后也就忘记了。有没有办法用大家可以理解的方法来拼？这样就不太容易忘记，答案是肯定的，我下次再讲。今天先讲一讲其前提条件。

pheatmap上一版本是2015年发布的，2018年5月发布了一个新版本：

Version 1.0.10

  • Fixed the blank page issue for RMarkdown notebooks and printing heatmaps to pdf without using filename parameter
  • Can set color of NA now
  • Output now is a pheatmap object with same slots as previously, but it has also print and grid.draw functions (thanks Guangchuang Yu)

主要是由我贡献的，我给pheatmap的输出加了个类属性，这样在画图上，可以好比ggplot2一样。这其实是我写《扪心自问，meme几何？》时，思考的结果。

比如：

library(pheatmap)
d = matrix(rnorm(100), ncol=10)
## 如果不加silent=T，会有画图窗口出来，但结果一样。
p = pheatmap(d, silent=T)

这样p就存了一个pheatmap对象，这个对象，你在R命令行上打p回车，图就画出来，好像ggplot2一般的体验，这是因为我相应地写的print方法。

然后我还写grid.draw的方法，这样子你就可以使用ggsave来保存p为图文件，比如：

ggsave(p, filename="pretty_heatmap.pdf")

这样子就不是一条命令出图，而是出对象，对象在需要的时候出图，而且方便我们输出文件，交互性就更强了，体验上升了很多。

这个类属性，还不止这些好处，有了类属性，我们可以写其它方法，这也是文章开头说的，实现一种大家都很容易理解的方式来允许cowplot拼pheatmap的基础，先卖个关子，敬请期待。