最近看一个画图的公众号，基本上通篇是代码，最后上个图，我觉得作者就只想表达「哇，我好牛逼」，读者看完可能也只是发出一句「好牛逼」，然后就没有然后了。且不说他读的数据是他电脑上的，你拿了代码也不好重复，最主要是代码死长，缺少解释！

我的写作风格则不一样，一篇文章我一般只会讲解一个点，力图讲清楚，让别人看明白。比如bootstrap分段标记这一篇，代码足够短且简单，但我还是分模块来讲，一行画树，一行做bootstrap分段标记，最后一行修图，虽然三行，但按功能分开，再加上文字解释，读懂是必须的。再比如纯代码生成banner​也是分成加载中文字体、读图、图上嵌图三块。即使简单的代码，也要分模块配以文字解析。

我每次只讲解一个点，但有些知识点是关联的，所以有可能会有断片的情况出现，比如之前写phylomoji，就有同学表示没看懂，这个用到了ggtree和emojifont，两个包我都写过很多文介绍，所以在写phylomoji时都没有介绍，如果没看过以前文章的人，可能就不清楚了。所以呢，适当的时候，汇总一下，是很有必要的。

emojifont包我基本上都介绍完了，如果你能通读这几篇文章，那么你必然能够用emoji来作图装逼，能够用emoji来娱乐自己，就像我用emoji给自己快乐一样！

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I have 8 packages published within the Bioconductor project.

• ChIPseeker
• clusterProfiler
• DOSE
• ggtree
• GOSemSim
• meshes
• ReactomePA
• treeio

A new package treeio was included in BioC 3.5 release.

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With ggtree (Yu et al. 2017), it is very easy to create phylomoji. Emoji is internally supported by ggtree.

Use emoji in taxa labels

library(ggtree)
tree_text <- "(((((cow, (whale, dolphin)), (pig2, boar)), camel), fish), seedling);"
x <- read.tree(text=tree_text)
ggtree(x, linetype="dashed", color='firebrick') +
    xlim(NA, 7) + ylim(NA, 8.5) +
    geom_tiplab(aes(color=label), parse='emoji', size=14, vjust=0.25) +
    labs(title="phylomoji", caption="powered by ggtree + emojifont")

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虽然我不喜欢DAVID，但很多用户喜欢，所以clusterProfiler也支持了，最近github上又有人要求支持自定义背景。

Dear Guangchuang,

I am using clusterProfiler in Kegg pathway enrichment analysis, it is useful and nice. I am looking for a function which accept background and has ability to deal with Ensembl gene ID.

In a function enrichDAVID it can takes ensembl gene id as an input format, but not allows to enter background. enrichDAVID(gene = gene, idType="ENSEMBL_GENE_ID", annotation="KEGG_PATHWAY", species= "hsa")

Other command enrichKEGG has a background input but only takes entrez gene id, enrichKEGG(gene, organism = "hsa", keyType = "kegg", universe)

I have tried to convert my ensembl gene IDs to entrez gene id, but some ensembl gene IDs represent more than one entrez gene ID. I downloaded KEGG pathway dataset to apply fisher exact test. however, genes are in entrez ID and i am still dont know how to convert.

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想要分段标记bootstrap，比如0-70, 70-90, 90-100之类的。这个对于ggtree来说，太简单。

首先我们要读树，用treeio的read.newick，它和read.tree的不同之处是，加入了参数node.label，当node.label存的不是label，而是bootstrap等数字型的时候，你可以传入node.label='support'，这样它会把node label解析为support value，另存为树注释数据，而不是和tip label混在一起。label变量只能存为字符型，因为和tip label混了，而字符型会让数字操作稍微复杂点。所以我们要用read.newick。

tree <- read.newick("RMI.phy_phyml_tree_rooted_labeled.txt", node.label='support')
root <- getRoot(tree@phylo)

p <- ggtree(tree, color="black", size=1.5, linetype=1,  ladderize=TRUE) + 
     ggtitle(label="Figure A") + 
    geom_tiplab(size=4.5, hjust = -0.060, fontface="bold") +  xlim(0, 0.09)

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最新的一个问题，大致讲他有两个trait, A和B，想拿A来给label上色，B来画热图。

加载用户数据我们有%<+%操作符，热图有gheatmap函数。

我给了他一个简单的例子：

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notifier包实现了跨平台的桌面提醒功能，当然它是调用了外部的命令，比如windows使用了toaster，老版本windows使用的是notifu，在linux下使用notify-send，而在OSX下，则调用了terminal-notifier，通过了简单的封装之后，就可以给桌面发布消息提醒了。

比如：

library(notifier)
notify(
  title = "15 Packages out of date",
  msg = c("You can run update.packages() to update them.",
  "Outdated packages: Boom colorspace desc memuse networkD3",
  "pbapply revealjs rgl rmdformats timevis and 5 more")
)

​ 效果如下：

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