ppiPre抄袭了GOSemSim的代码，证据当然非常充分，比对一下代码就知道了，我在Proper use of GOSemSim一文中，做出了一些比较，另外也可以参考github页面，github记录了ppiPre被暴光抄袭之后所做的修改。 从我给BMC Systems Biology的编辑反馈这件事开始，在这铁板钉钉的事实面前，编辑拖了整整一年，而这一年时间过去了，ppiPre仍没有被编辑部受理。从最早反应这件事情，编辑信誓旦旦说他们很重视这种事情，到后面对我的邮件视而不见，我愿意相信编辑部处理这些事情，需要时间，他们有自己的规则，但一年的时间，不回邮件，冷处理以淡化此事，这绝对不是应该有的规则。 在编辑一直无视我的情况下，我写出了Proper use of GOSemSim一文，列举了一些一模一样的代码，并告知CRAN，当ppiPre被CRAN移除时，我写信给编辑，这时候，编辑告诉我说他们准备要去联系作者了，这时候已经过去半年了，是的！你没有看错，半年过去了，编辑说他们还没去联系作者！我是不相信的。必然是联系了之后，有某些不为人知的原因，所以编辑态度反常，对抄袭这种打鸡血的事情，不断在打太极。

再过二个月，ppiPre的作者邓岳给我写了信：

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One day, I am looking for R packages that can analyze PPI and after searching, I found the ppiPre package in CRAN.

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从2011年1月我就在实验室的QQ群里发群邮件说IPI关门，时至今日，已经关门3年了，主页上一直停留在关门大吉的那一刻。 我不断在邮件里, lab meeting上强调要换成uniprot来搜库，然而时至今日，依然还是有很多的人在使用IPI，想想真可怕，实验室真是100年不更新一下数据啊。 另外一个我非常讨厌的就是GI号，它压根就不是正儿八经的ID号，但他们从来就不愿意尝试改变。 比如上面这个蛋白质序列的FASTA文件，注释行有很多信息，比如： >gi|16128001|ref|NP_414548.1| putative transporter [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 显然搜库时可以使用NP_414548.1做为ID，这个问题我说过N多遍，但他们一定会用他们惯用的gi|16128001来做ID。 问题是很明显的： GI number (sometimes written in lower case, “gi”) is simply a series of digits that are assigned consecutively to each sequence record processed by NCBI. The GI number bears no resemblance to the Accession number of the sequence record. The GI number has been used for many years by NCBI to track sequence histories in GenBank and the other sequence databases it maintains.

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这个题目又标题党了，不过是share一下一些地球人都应该知道的小tips而已。 据说是电信出口出了问题，学校里这两天大家都在叫pubmed上不去，我反正是上得去，就是慢点。大家好像少了pubmed就无法干活似的，不过也是，正所谓：熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟。 1.有备无患 pubmed上不去，完全没影响，因为有hubmed,hubmed主页上写着：An alternative interface to the PubMed medical literature database，所以完全可以把它当作是pubmed的镜像。这个站点至少我在暨大上是超级快的。搜完底上还有链接，让你很方便地用同样的关键词在google (scholar)，Scirus, CrossRef，EBIMed等其它数据库里搜。 另外一个备选的站点是gopubmed，这个站点的亮点是整合了ontology。 最近欧洲大名鼎鼎的EBI也开始搞文献服务了，新开的Europe PubMed Central，我比较喜欢它的排序功能，可以按文章的相关性或引用数来排。除了文献之后，还可以biological patents, clinical guidelines, PhD theses and research reports。这个站点现在刚创立，我觉得一两年之后，肯定会有更多的服务提供，前途无量啊。 文献管理 读文献是人干的事，管理文献却是疯子干的事。如果你还活在手工整理文献的黑客帝国里，请赶紧吞下红色药丸。 3.个性化推荐 上网买本书，电商都会推荐给你，某本书可能你也想买。这是个性化推荐的时代，读文献也不例外，Google Scholar的新功能My updates，干的就是这个事，可以根据自己文章的内容，推荐相关的最新文献，想要用到这个功能，你需要建立google scholar profile页面。 4.订阅 RSS改变了人类的阅读，很多的期刊都提供了RSS，如果你是火星人，不知道啥是RSS，那么打开你的QQ邮箱，点一下阅读空间，那玩意实现的就是RSS订阅了。个人比较推荐google reader。 另一个值得一提的是NCBI的个性化服务My NCBI，你可以设定关键词，当pubmed上有新文献和这个关键词匹配的话，NCBI可以定期给你发邮件提醒。 5.求文献 科研大军越来越庞大，笑到最后的是各大出版社，不是读者给它送钱，就是作者给它送钱，当我们点full text时却被告知没付费么有permission，天下文章一大抄，没得抄是多么的不爽。我以前喜欢在FriendFeed上的references wanted里求下载。不过上friendfeed需要一支红杏出墙来。现在好了，国内的丁香园有个一键求助的功能，是个求文献的好去处。 6.下文献 文献下不了，很多时候是不用求的，sci-hub.org这个代理就是个下文献的好地方，比Phosphoproteome profile of human lung cancer cell line A549这篇文章的网址是http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2011/MB/C0MB00055H，把URL加上sci-hub.org这个代理，变成http://pubs.rsc.org.sci-hub.org/en/Content/ArticleLanding/2011/MB/C0MB00055H，就可以下到相应的PDF文件。 欢迎补充。 PS:今天收到一颗树~

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