在《你所不知道的,R的N种打开方式》我介绍了N多种打开R的方式,甚至于你还能用python写的号称21世纪的R界面:《R,python喊你回家吃饭啦》。

我自己一直很少用RStudio,而是用Emacs,虽然Emacs比较小众,也不适合这个公众号的粉丝,但文本编辑器之于程序程好比剑客手中的剑,一个用着顺手、长期使用的文本编辑器比什么都好,在《你所不知道的,R的N种打开方式》中我介绍了Emacs, Vim, textMate, sublime,今天要介绍另一款,VSCode,这是微软开源的文本编辑器,非常现代化,有很好的扩展生态。

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为了方便苹果用户也能用桌面软件下文献,我把SciHub桌面版打包成可以运行在苹果上的App。

SciHub桌面版是Windows程序,主页为https://zhuanlan.zhihu.com/p/31809890

首先这是利用wine技术实现的,在苹果上你需要安装XQuartz: https://www.xquartz.org/

安装很容易,我已经打包了dmg文件,这个文件有44M,还挺大的,没法,要打包一个windows的运行环境嘛。

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对于生信狗,天天黑白命令行,实验室的同事,经常对着我的Emacs说,这么小的字体你看得清吗?我只能无奈地回答,因为我要一个屏幕显示一整个函数。我自己平时写代码也很注意这一点,函数尽量小,太长就要考虑切分成几个函数,我说自己是脑容量不够,写不了长函数。我希望如果有人看我代码,他/她可以看得舒服点,虽然写的不见得好,但起码一个函数,你一个屏幕是装得下的。岁月留给我们的,是越来越厚的镜片!然而最近有一款神器,让我们在命令行里,可以高亮显示生物学常见的数据格式,包括SAM, VCF, GTF, PDB和FASTA。这款神器叫bioSyntax (http://bioSyntax.org) ,看着舒服多了,而且逼格十足,如果大家序列比对看多了,其实都会依赖于看颜色,黑白字体情况下,你很难去区分ATCG,即使有明显的pattern,你也很难看出来。

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Linux是生信从业者最好的操作系统,我觉得对新手最大的安利是大家常用的软件都可以在linux上爽快地用!之前介绍了QQ微信迅雷,这次将介绍度娘的网盘云管家。

老司机带带你

各种音乐客户端我都没装,看到朋友圈有分享音乐的,偶尔手贱点进去,通常都会弹出来说告诉我,我所在的区域不支持!尼玛!这世界除了翻墙之外,还有翻回去的,到了墙内网络上音乐、视频才可以听可以看。某一天我想下个专辑放手机上吧,网络上各种搜索,都无法下载,各种会员制、付费、论坛经验值神马的,于是我怒了,找了个磁力链,扔给度娘,度娘1秒钟就给我下好了,你没看错,度娘下东西是秒下!

Linux上链接有软链接和硬链接之分,软链接就是大家熟悉的’快捷方式‘,而硬链接则是真正意义上的物理指向,所有链接都是真实的,但电脑上有一份拷贝,但凡有一个链接还存在,文件就存在。云盘肯定是类似这样的‘硬链接’,你把别人云盘里的资源保存在你的云盘里,它消耗了你的空间,而实际上对于云盘供应商,零消耗!云盘里有大量的资源,什么东西能吸引用户?色情、电影、盗版软件这些绝对占大头,度娘给了大家下载BT的功能,现在又有下载磁力链的功能,简直分分种满足宅男所有愿望!但凡你要下的东西是存在于度娘的云盘里的,它瞬间就可以给你一个硬链接,所以下东西都是秒下!

之前有师弟在微信群里问那里可以下到illustrator,被我笑说做为汉子怎么好意思在群里问师姐下盗版,不会下也默默地上淘宝买啊,也就几块钱的事。其实这些上网随便找个BT或磁力链,交给度娘,秒下。即使是很老的BT种子,已经没源了,度娘也是秒下。度娘才是最大的老司机,从此你不再也没理由看不到小电影、看不到盗版碟、下不了盗版软件、听了不盗版专辑。度娘喊你上车!一次满足你所有愿望!

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在《如何获取文献》一文中,我介绍了获取文献的方方面面,从搜索、文献管理、订阅、个性人推荐到下载。本文再继续说说文献下载神器。

Sci-hub无疑现在是很多苦逼科研工作者所依赖的最大神器,然而最近败诉给爱思唯尔出版社,赔1500万美元,这点钱显然是不能够搞垮sci-hub的,但是败诉本身给大家带来的信号对sci-hub的影响会更大,必须更大!美国化学学会几天前也发起了对Sci-Hub的诉讼!sci-hub很有可能在败诉的影响下,被群起而攻之,最终被各大出版社给掐死。

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou