小伙伴发来这个文章中的图，想要实现类似的图，用变量给axis text上色，并生成legend：


这个可以说ggplot2是不支持的，aes映射不会被应用于axis上，而theme也不支持aes映射，你只能自己手动搞个color vector传给theme来上色，但这无法生成legend。

我只能打开脑洞，legend借助于额外的图层来生成，但这个额外的图层又不是我们想要在图形上展示的，这又是个无米之炊，我能想到的就是让图层透明，实际有，但你看不到，当然这样自动生成的legend也会看不到，但legend可以后面再修改，于是这不支持的事情，就通过变通变得可能：

require(ggplot2)

set.seed(2017-07-04)
d <- data.frame(x = letters[1:5], y = rnorm(5), 
		group = sample(c("Control", "Treatment"), 5, replace=TRUE),
		type = sample(LETTERS[1:2], 5, replace=TRUE)
)

p <- ggplot(d, aes(x,y)) + 
	geom_col(aes(fill=group))

这个代码很好懂，画一个柱状图，按group上色。

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2017眼看要结束，立下写《CS0: ChIPseq从入门到放弃》的flag还没完成，当时ChIPseeker是33个引用，现在已经80了，时间过得好快。

最近放羊的Jimmy给我发来了一个截屏：

说了一篇新文章，大段在称赞ChIPseeker：

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群众纷纷表示图二是Excel画的，我觉得也是！Excel是生物学家的最爱啊。虽然做生信的人都看不上，最主要是没有记录，不具备可重复性。但现实就是大家都爱Excel。

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这个题目可以放好多不正经的图，我在这个公众号里面已经写过太多，比如《邪恶的曲线》和它的3D版本，《3D版邪恶的曲线》，但这里不涉及太多，只用geofacet这个包为例。

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在《你所不知道的，R的N种打开方式》一文中，我介绍了R的N种界面，这里将介绍一个用python写的极其现代化的R命令行界面，rtichoke（之前叫rice）之于R，就像ipython之于python一样。

特性

• 轻量，不需要编译
• 多行编辑，这点很重要啊，长长的命令可以换行后，随便回去编辑前面的指令
• 语法高亮，这可是R命令行所没有的，看起来舒服多了
• 自动补齐，减少输入
• 支持bracketed paste mode，也就是说你copy-paste了有换行符的字符串，不会拷进去就自动执行了
• 支持Windows, macOS 和 Linux
• 支持vi, emacs等编辑模式
• 可以多种高亮模式

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最初github上用户（@JustGitting）报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118

我表示这确实是不行的，然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好，我只实现了equal angle algorithm，在写注释图层之前，如果我有时间的话，我希望可以先实现更好的layout algorithm。

然后JustGitting表示，他发现python的ETE和R的ape，在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm，有没有什么参考文献，或许他可以帮忙实现，因为他觉得ggtree是最成熟的软件。

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最近公众号「生信媛」和「生信宝典」的小伙伴在说ggplot2无法一次性设置所有字体，theme只能设置axis text, title这些，而搞不了geom_text，geom_text必须要手工输入family=XXX来设置，因为不能使用theme来更换，也就是说没办法通过后处理来设定，比较麻烦。

这显然是不对的，后处理必须可以的，一次性满足所有愿望也只是因为没人写个神奇的函数而已。于是我就动手写了个set_font的函数。

假设我们有下图：

library(ggplot2)
d <- data.frame(x=rnorm(10), y=rnorm(10), lab=LETTERS[1:10])
p <- ggplot(d, aes(x, y)) + 
    geom_text(aes(label=lab, color=lab), size=10) + 
	geom_text(aes(y, x, label=lab), size=3)

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