收到了Viziometric的邮件：
说要我给自己的一篇文章选一张图做为代表，我顺手点开，没想到这是一款神器啊！这是由University of Washington做Computer Vision的研究生做的一个学术图片搜索引擎，去年被Economist和MIT Technology报道过。
I have 8 packages published within the Bioconductor project.
A new package treeio was included in BioC 3.5 release.
With ggtree (Yu et al. 2017), it is very easy to create phylomoji. Emoji is internally supported by ggtree.
library(ggtree)
tree_text <- "(((((cow, (whale, dolphin)), (pig2, boar)), camel), fish), seedling);"
x <- read.tree(text=tree_text)
ggtree(x, linetype="dashed", color='firebrick') +
xlim(NA, 7) + ylim(NA, 8.5) +
geom_tiplab(aes(color=label), parse='emoji', size=14, vjust=0.25) +
labs(title="phylomoji", caption="powered by ggtree + emojifont")
虽然我不喜欢DAVID，但很多用户喜欢，所以clusterProfiler也支持了，最近github上又有人要求支持自定义背景。
Dear Guangchuang,
I am using clusterProfiler in Kegg pathway enrichment analysis, it is useful and nice. I am looking for a function which accept background and has ability to deal with Ensembl gene ID.
In a function enrichDAVID it can takes ensembl gene id as an input format, but not allows to enter background.
enrichDAVID(gene = gene, idType="ENSEMBL_GENE_ID", annotation="KEGG_PATHWAY", species= "hsa")Other command enrichKEGG has a background input but only takes entrez gene id,
enrichKEGG(gene, organism = "hsa", keyType = "kegg", universe)I have tried to convert my ensembl gene IDs to entrez gene id, but some ensembl gene IDs represent more than one entrez gene ID. I downloaded KEGG pathway dataset to apply fisher exact test. however, genes are in entrez ID and i am still dont know how to convert.
想要分段标记bootstrap，比如0-70, 70-90, 90-100之类的。这个对于ggtree来说，太简单。
首先我们要读树，用treeio的read.newick，它和read.tree的不同之处是，加入了参数node.label，当node.label存的不是label，而是bootstrap等数字型的时候，你可以传入node.label='support'，这样它会把node label解析为support value，另存为树注释数据，而不是和tip label混在一起。label变量只能存为字符型，因为和tip label混了，而字符型会让数字操作稍微复杂点。所以我们要用read.newick。
tree <- read.newick("RMI.phy_phyml_tree_rooted_labeled.txt", node.label='support')
root <- getRoot(tree@phylo)
p <- ggtree(tree, color="black", size=1.5, linetype=1, ladderize=TRUE) +
ggtitle(label="Figure A") +
geom_tiplab(size=4.5, hjust = -0.060, fontface="bold") + xlim(0, 0.09)
最新的一个问题，大致讲他有两个trait, A和B，想拿A来给label上色，B来画热图。
加载用户数据我们有%<+%操作符，热图有gheatmap函数。
我给了他一个简单的例子：
苹果和企鹅分赃没谈好，反正林子大了，就不顾小鸟的死活！取消了iOS的赞赏功能，一个个觉得错过了一个亿，我真不知道原来你们的赞赏有这么多！我半年来得到的还不够我的日薪多。虽然少得可怜，但我还是及时地在当天给出方案来吸引眼球，创作了一个绿色的赞赏按纽。
我的文章排版都是markdown，markdown是外部驱动的，要什么效果，CSS话事。这个赞赏按纽无非是个链接，赞赏二字链接到转帐二维码，而要实现按纽的效果，可以专门定义一个style来实现。
