去年ubuntu下apt-get了R-3.0.2, 用了没多久就发现了system命令有问题，通常情况下调用系统命令是正常的，但是我调用bowtie的时候，就会报错：
Warning: Could not open read file "/tmp/8156.inpipe1" for reading; skipping...
Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
Command: /usr/bin/bowtie2-align --wrapper basic-0 -p 12 -x /ssd/genomes/hg19 -S tmp.sam -1 /tmp/8156.inpipe1 -2 /tmp/8156.inpipe2
这很明显是因为fasta.gz文件，bowtie需要调用zcat来读的，在R里调用bowtie就找不到好基友zcat的输出管道。当时没在意，R不干，那就找shell。 去年用NMF包的时候，报出了人类不友好的错误，联系了包作者Gaujoux，在作者的帮助下，找到了是doParallel包的问题：
> library(doParallel)
> Loading required package: foreach
foreach: simple, scalable parallel programming from Revolution Analytics
Use Revolution R for scalability, fault tolerance and more.
http://www.revolutionanalytics.com
Loading required package: iterators
Loading required package: parallel
>
registerDoParallel(11)
> >
foreach(i = 1:10) %dopar% { getwd() }
>
*** caught segfault ***
address 0x7fbeb6d399d0, cause 'memory not mapped'
其实parallel包中用mclapply也是同样报错。于是又把维护deb包的Dirk拉进来，Dirk是Rcpp的作者，高人就是不一样，看了错误，立刻就指出是BLAS库的问题。
