unknown annotation in enrichment analysis

March 3, 2017 in statistics

小伙伴说注释不全，比如KEGG只有不到1万个基因有注释，但他一次RNA-seq出来的基因有2万多个，那其它没注释那1万多个岂不是扔了？！就某个通路来说，两种情况，要么属于，要么不属于这个通路。那1万多个应该放在背景里，不要扔。

我的解答是三种情况，1属于，2不属于，3不知道。对于缺失信息的，当然是扔。