upsetplot大家见得多,首先来个富集分析的实例:
library(DOSE)
data(geneList)
de <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
edo <- enrichDGN(de)
library(enrichplot)
upsetplot(edo)
upsetplot大家见得多,首先来个富集分析的实例:
library(DOSE)
data(geneList)
de <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
edo <- enrichDGN(de)
library(enrichplot)
upsetplot(edo)
使用barplot
来展示富集分析结果是很常用的,而dotplot
比较barplot
来说,多了一个点大小的信息,可以比barplot
展示多一个信息,所以是比较推荐的,我之前已经写了《dotplot展示富集分析结果》和《dotplot for GSEA》两篇文章,dotplot
虽然简单,很多人会觉得会容易用ggplot2
画出来,但其实有些细节,比如《为什么画出来的点比指定的数目要多?》,有些技巧,比如《搞大你的点,让我们画真正的气泡图》,是很多新手所不具备的,图虽然简单,但老司机的飚车技能也不可小看哦,所以我在《听说你也在画dotplot,但是我不服!》的文后就说了一句话:
clusterProfiler之所以好,因为真的考虑了很多细节!请放开那图,让clusterProfiler来画!