《画图给点分组?》这一篇文章中给出了方法，画出两层分组的点图，一层分组是按照离散型变量在x轴上分组，第二层是每一个分组里，再来一个离散型变量再分一次。非常感谢读者们的反馈，原来这第二层分组在ggplot2中是有内置的实现方式的，那就是position_jitterdodge。
当年我准备考博的时候，健康院某PI（本来的意向导师）找我帮他在iMac上安装盗版的Papers（文献管理器）和Illustrator（PS的兄弟），安装后，跟我说：“我们做科研的，最重要的软件就是Papers和Illustrator。”，当然后来感觉挺坑我，就放弃了。
这么多年过去了，至今这两个软件我都没用过！我画图，追求的是全部由代码产生，至今还没有修图的需求，也就没有试过Illustrator了。
Illustrator必须有些门槛，而且关键是Adobe绑死在PDF上，实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint解决，剩下那20%，反正也不常用。而PowerPoint的优点是没有门槛，傻瓜式操作，像我这种怀疑自己智商的人，都会用啊！
要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！
要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！
要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！
library(ggplot2)
pups <- nlme::RatPupWeight %>%
janitor::clean_names() %>%
dplyr::mutate(litter = as.integer(litter))
p <- ggplot(pups, aes(x = litter, y = weight, color = treatment))
针对某一个x值，我们可以画出相应y的统计量，比如均值、方差等，这些都可以“手工”的方式通过图层叠加来实现。
p + geom_jitter(shape=1) +
stat_summary(fun.y = "mean", size=2, geom="point", color = 'black') +
stat_summary(fun.data = mean_cl_normal, geom="errorbar", width=.1, color='black')
有小伙伴问为什么R里循环出不来图？
其实看我公众号的各位读者们，你们不应该有这个问题，如果有，那么证明我的文章没有好好看！有两篇很重要的文章《扪心自问，meme几何？》和《树变图，图变树？ ？》，特别是第二篇，和这个问题息息相关。
首先假设我们有一个图：
require(ggplot2)
p = qplot(1:10)
为什么在终端打p可以出图？
因为在R里，所有都是对象，而在终端里你输入一个对象回车，R会去找相应的方法去打印出来，如果是S3对象，会去寻找print方法，而如果是S4会去找show方法。
我在2018年4月份的一条推特文，https://twitter.com/guangchuangyu/status/988672880551518210，可以把UpSetR变成ggplot然后可以各种玩，比较我在推特文中所展示的，图上嵌入venn图、使用cowplot拼图等。然而过了大半年，我的pull request并没有被作者接收，也就是说这功能还不存在于官方的版本中。
如果有兴趣的话，应该安装我fork的版本。
devtools::install_github("GuangchuangYu/UpSetR")
生物狗喜欢画barplot，但毕竟只有均值和标准误差信息量太低，万一有outliers呢？万一不是正态分布呢？所以就吐槽了又吐槽，但大家还是乐此不疲，因为大家都在用，因为很多人只会画barplot，所以产生各种反barplot运动，并呼吁大家使用boxplot，boxplot有四分位数的统计量，可以反应outlier和数据的分布，比barplot高得多了。
然而事情是不断在进化的，我们的手段是要跟上潮流的，现在的潮流就是除了要有统计量，还要有原始数据，甚至于有统计推断，全集中一图中，揭开数据的红盖头，给大家呈现全方位无死角的面貌。
小伙伴发来这个图，问我是不是bug，这真是犯了程序员的社交礼仪。
你如果对一个程序员说，“你的代码有bug。” 他的第一反应是：
- 你的环境有问题吧
- 傻逼你会用吗。
如果你委婉地说：“你这个程序和预期的有点不一致，你看看是不是我的使用方法有问题。”
他本能地会想：“操，是不是出bug了！”
这显然不是bug，这是绝大多数人对ggplot2的误解，他们认为用xlim和ylim是放置一个窗口去看你的图，然而在ggplot2是限定一个窗口去过滤你的数据，并重新画图！你的数据被过滤了！如果是放置窗口在图上，一条线从A到B，如果B在窗口之外，那么线被截断了，你看到半条线，但如果是过滤数据呢？B不复存在，那么线条A到B也不复存在，没有B，A到B的线画不出来。就是这样，所以这绝逼不是bug，而是程序员本能反应的第二种情况，你用错了。
那么怎么样不过滤数据，而只是设置可视化窗口呢？你基本上很少看到有人这么用，因为几乎99%的人都只知道xlim和ylim，一般人我也不告诉他，快点拿去小抄把下面的代码记录一下。
