小伙伴提出了上面的问题，点不能够打到violin里面去，即使加了aes(group=color)强行分组也不行。这个照理第一感觉都会觉得可以，但试一下都会发现不行。
library(ggplot2)
d = subset(diamonds, color %in% c("D", "E"))
ggplot(d, aes(cut, carat, fill=color, color=color)) +
geom_violin(alpha=.3) + geom_jitter(width=.05, alpha=.5)
很多人都在学ggplot2，也有很多「高手」，比如你搜索「精通ggplot2」，你甚至会看到各种「从入门到精通」的课程，然而都是各种照猫画老虎的入门菜谱而已，当然广大群众去上课也可能只是为了求菜谱好在需要的时候，可以copy-paste而已。
ggplot2学习容易，因为无非是图层叠加，而图层的参数一致性非常好，网上也有很全的文档。然而要深入很难，比如你想干点什么是ggplot2自身没有支持的，你需要自己去hack，需要用到更底层的东西的时候，一般情况下，会无从入手，尝试之后才知道什么叫绝望！因为ggplot2套路实在是太深。
正如我在《听说你还不会画热图》吐槽的，有些所谓的「高手」实际上连ggplot2底层是什么都不知道！然后可以把ggplot2吹上天。很多人根本不知道当你打下ggplot这个命令的时候，到底发生了什么？要理解ggplot2并不容易，正如前面所说「套路太深」，没有金钢钻，读不了它的代码，有没有一个简单点的包，能够读懂代码，并且有助于理解ggplot2呢？我想我的meme包就非常好，虽然仿的有点肤浅，然而胜在简单，看过下面这两篇文章的，都知道这个包在做什么。
有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin，但不能应用于ggplot2，这个可能很多新手都会很困扰，可能需要一段时间的探索之后，才能发现原来是用theme来设定。
这当然你可以归结于说ggplot2和base plot是不同的东西，但从实质画图参数这一点而言，并没有什么同与不同，无非是设置的方式不同而已，而这种方式都是人定义的，我们完全可以人为定义它们兼容。
眼看着2月14号就要到来了，又是一年一度的画红心装13的时候，这种事情已经被我BS了，请猛击：《画❤️装geek什么的，都弱爆了！😜》。红心已经没什么好画的了，特别是在我画了生日蛋糕，并用蛋糕画红心之后，《130岁了，祝你生快》，是驴子是马，都没法晒肌肉了。当然红心还是会有所谓的理工宅男晒，除此之外还会有各种花招，来给单身狗撒狗粮。想要加入撒狗粮大军的，快点看《如何告别单身》。
今天以ggplot2的一个坑来说一下，坑无处不在，防不胜防，你大可以试一下下面的代码：
> set.seed(123)
> require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
> rnorm(3)
[1] 0.8005543 1.1902066 -1.6895557
> set.seed(123)
> rnorm(3)
[1] -0.5604756 -0.2301775 1.5587083
在两次set.seed和rnorm之间，第一次因为加载了ggplot2，结果就不一样了！这必须是第二次是正确答案，也就是说加载ggplot2把你的seed给吃了！加载包会改变R环境？这绝对不是好主意，我们来试试加载别的包试试，比如我的clusterProfiler:
大家是否还记得我的《webinar录播 (2017-10-24)：plotting tree + data》，这可以说是R画图最好的课程，PPT也分享给大家《ggtree直播PPT第一部分》和《ggtree直播PPT第二部分》。
我在PPT中，用了meme，发现没有R包可以做，于是我写了一个R包来做这个事情。
后来又写一个R包来实现字体的阴影效果：
之前我发表读书笔记《主成分分析》
这可能是你见过最好看的PCA图了，有人在「宏基因组」群里问有没有什么包可以画？像这种提问，我以前是吐槽过的，请猛击《如何画类似MEME的注释序列》，当然说什么都没用，大家就是喜欢凡事问有包吗？因为包治百病嘛，不信你送个包给你女票试试！
jimmy回答说ggbiplot可以画差不多的，于是「宏基因组」公众号立刻就出来一篇《ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关》，后面又有人提问，能不能加两个置信区间？@Chenhao童鞋就给出了解决方案，并且写了篇博客文介绍.
他的作图是基于ggord包，只能应用于LDA，于是「宏基因组」公众号又跟进发一篇《比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord》，你会发现他们介绍同一类型的作图，一会这个包，一会那个包，一会某包有A功能，某包又有B功能，我就不说什么了。
