请用事实怼我

在《你昨天才做的分析,可能是几年前的结果!》这篇文章的开头,我吐槽了WEGO+华大(虽然文章是转载自《嘉因生物》,但这段是我给自己加的戏码,广告后面才是原帖内容 -,-)。

这只不过是我任性了一番,因为华大的拥护者来骂人了,我真的不理解,如果我说错了,你们可以拿事实啪啪啪地打我脸的,为什么要骂人,所以我任性地再吐一口口水。

这里我必须承认,我说错了,华大用的WEGO不是那在线版的09年以后就不更新的WEGO,09年人的注释不超过7000个,华大给的报告有12929个(BP),当然也不是最新的,目前org.Hs.eg.db中GO的数据源是2017-03-29, BP的注释有16992个,比华大多了1/3,所以《你昨天才做的分析,可能是几年前的结果!》这篇文章要吐槽的依然对,谁知道差这1/3会发生什么呢。

> (16992-12929)/12929
[1] 0.3142548

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clusterProfiler supports over-representation test and gene set enrichment analysis of Gene Ontology. It supports GO annotation from OrgDb object, GMT file and user’s own data.

support many species

In github version of clusterProfiler, enrichGO and gseGO functions removed the parameter organism and add another parameter OrgDb, so that any species that have OrgDb object available can be analyzed in clusterProfiler. Bioconductor have already provide OrgDb for about 20 species, see http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb, and users can build OrgDb via AnnotationHub.

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou