映射codelink芯片ID

September 23, 2008 in Bioinformatics

GE公司codelink芯片(这个破产品已经停产了)上的探针ID，需要转成别的ID，看了一些在线的转换ID工具，都不支持，探针ID基本上都只支持affy的。

想起了bioconductor里的biomaRt，这个包可以检索BioMart数据库，这个数据库里有N多种ID。试了一下，果然没问题。

#加载biomaRt包
library(biomaRt)

#选取数据库
ensembl = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

#获取可供检索的attribute
attributes=listAttributes(mart=ensembl)

#看一下attributes里是否有codelink，得到以下的结果。
attributes[grep("codelink",attributes[,1]), ]

name description
21 codelink Codelink ID
#再搜一下其它我想要的ID

#读进含有codelink ID的文件。
mrna_id <- read.table("mrna_id.txt")

#进行ID映射。
idmap <- getBM(attributes=c("codelink","refseq_dna","external_gene_id",
                            "embl","hgnc_id","hgnc_symbol"), 
               filters ="codelink", values=mrna_id[,1],
               mart=ensembl,output="list")

映射codelink芯片ID

Guangchuang Yu