试想一下,每次重装系统,都要安装一堆常用的小软件,7zip, notepad++, filezilla, winrar等等,每次都要搜索下载地址,下载,安装,摆明了是木兰要从军一般,“东市买骏马,西市买鞍鞯,南市买辔头,北市买长鞭”,当然Windows现在也有各种软件管家之类的软件,但很多是流氓软件,要带各种全家桶的,我宁愿自己来一次木兰从军记。

大家都喜欢Linux的包管理,比如apt-get,而OSX也有homebrew,可以brew install一大票Unix-like的软件,而Windows用户只有羡慕的份,上面提到的流氓软件管理,当然也是装不了Unix-like软件的,所以我们羡慕,我们妒忌,外加恨!


今天要跟大家介绍一个为windows设计的包管理器,Chocolatey,有了它,你也能choco install wget, choco install docker这样装软件了,不用再羡慕水果用户,不用再木兰从军般装软件了。

Chocolatey is a package manager for Windows (like apt-get or yum but for Windows). It was designed to be a decentralized framework for quickly installing applications and tools that you need. It is built on the NuGet infrastructure currently using PowerShell as its focus for delivering packages from the distros to your door, err computer.

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创建R包

> source("code.R") #载入写好的代码 
> package.skeleton(name="pkgname", list=c("function_name_list"))
# 生成R源码包的目录结构 

到man目录下改*.Rd文档。latex格式。这是包和函数的帮助文档。

如果需要vignette文档的话。在包目录下,新建inst/doc,在里面写pkgname.Rnw文档。基本上是latex格式,不过允许你插入R代码。make的时候,会先跑代码。再自动转换成latex,再编译成pdf。

$ R CMD check pkgname 
# 检验代码和文档。这个很重要。通常一些小问题都能在这一步发现。 
$ R CMD build pkgname 
# 打包,源码包格式 
$ R CMD build --binary pkgname
#编译后打包,二进制格式。

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou