pheatmap我其实用的次数不多,但在帮别人解决一些问题之后,比如:

我发现这包的交互能力是比较差的,它就像传统的plot函数一样,命令一打下去,就直接画图,虽然它其实是有输出的,但事实上超出了一般用户的理解能力,它的输出,比如说可以用cowplot来拼图,我在上面链接的那篇文章中皆来演示,然而很多人问我,怎么把pheatmap画的热图和ggplot2的图,用cowplot来拼。这就是因为拼图的方法超出了很多的理解范围,看过演示,也只能照猫画老虎,过后也就忘记了。有没有办法用大家可以理解的方法来拼?这样就不太容易忘记,答案是肯定的,我下次再讲。今天先讲一讲其前提条件。

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这个问题,其实答案就存在于《听说你还不会画热图》,我们先生成一个矩阵:

set.seed(2017-11-12)
d = data.frame(matrix(rnorm(100), ncol=10))
colnames(d) = paste0('t', 1:10)
rownames(d) = paste0('g', 1:10)

这个矩阵是rnorm生成的随机数,有正有负,我们再生成一个矩阵,只有正数,并且数值上比第一个矩阵要大:

d2 = abs(d) * 1.2

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou