有一些软件做了检验之后,是不告诉你那些基因在某个富集的通路中,显然做为生物学家,是对此有兴趣的。clusterProfiler系列,全部函数都会输出,但看基因ID,比如ENTREZID或ENSEMBLE,这些都对人类不友好,看了你也不知道是什么,为了让大家看结果的时候,还能有点感觉,我们需要把基因翻译成symbol,有那么一批函数比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable参数的,但有一些是没有这个参数的,我被问得最多的是KEGG的分析为什么没有!

首先GO为什么有?因为enrichGOgseGO都是使用OrgDb,而OrgDb本身带有ID转换的注释,而KEGG是在线去检索KEGG数据库的,KEGG并没有提供这些信息,当然对于少量大家比较熟悉的模式生物,要支持还是很容易的,然而有些物种支持,有些不支持,大家又会问了,凭什么我做的物种被BS了。所以啊,大家都不支持,挺公平。其实KEGG数据库里那么多的生物,很多物种是没有基因名的,有很多生物的注释还停留在基因座,你让我帮你转ID,臣妾做不到啊。

但起码对能支持的物种支持一下呗,以我一贯的作风,能帮小白解决的小问题,我都会去解决。于是我们有setReadable函数。但凡你能找到一个OrgDb,你就能用来转ID,就这样。

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou