package manager

之前一直用NetBSD的pkgsrc做为各种Unix-like系统的包管理系统，pkgsrc在自己内部解决依赖关系，这点对于生产环境来说，是很好的一个优点，我通常会在服务器里装一个pkgsrc，在用户目录下，维护一套UNIX软件。但是用在自己的机器上，内部解决软件依赖，就是个缺点，浪费编译时间和硬盘空间。

Mac上可用的包管理系统很多，Fink移植于Debian的apt，Gentoo的portage也支持OS X。OS X是基于BSD的系统，BSD有自己的一套包管理系统，如FreeBSD的ports和NetBSD的pkgsrc，MacPorts可以看作是这一系列中的一个，不过它并不是OS X原生的，它只是OpenDarwin的子项目，所以和pkgsrc一个样，也是内部解决依赖，真正为OS X设计的原生包管理系统非Homebrew莫属，它会尽量依赖系统里已有的软件。

自从用了Homebrew之后，再也不用为系统里有两套perl和python而crazy了，之前通过pkgsrc装的软件全删掉，改Homebrew来安装和管理。 如果软件没有被pkgsrc收录，而想通过pkgsrc来管理的话，那就得自己写makefile，而homebrew，则可以自动帮你生成Formula，比如我要安装blat：

brew create http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip

当然有可能需要编辑一下：

brew edit blat

大多数情况下，并不需要修改，创建了formula之后，就可以使用homebrew安装。

brew install blat

Emacs

虽然Homebrew是为OS X设计的，但它毕竟不是苹果的东西，无法管理系统内置的程序，OS X自带Emacs，版本22，已经很老了，而且没有图形界面，为了方便管理和升级，只能把系统自带的删掉，用Homebrew来安装新版的Emacs-24.3，安装时使用参数–cocoa，使得emacs能够识别OS X的keybinding，创建链接到Applications下，这样可以在Applications中双击运行。

rm /usr/bin/emacs
rm -rf /usr/share/emacs
brew install --cocoa emacs
ln -s /usr/local/Cellar/emacs/24.3/Emacs.app /Applications/

site-lisp

在.emacs.d目录下新建site-lisp目录，用于放置各种第三方的包，在.emacs里加入：

(let ((default-directory "~/.emacs.d/site-lisp/"))
  (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))

让emacs启动时，加载site-lisp及其子目录。

eshell PATH

eshell是个非常美好的存在，在windows下安装Emacs，就拥有了一个小型的shell，非常方便，当然它并不是bash，如果在windows下使用会缺少很多bash内置程序和许多的unix命令行工具，幸好可以配置emacs调用cygwin的bash。

eshell并不使用.bash_profile中定义的PATH，好在eshell中内置addpath程序，可以非常方便地把路径加入到PATH中去。

~ $ addpath 
/usr/bin/
/bin/
/usr/sbin/
/sbin/
~ $ addpath -b /usr/local/bin
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin
~ $ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

不过这种方式，只是临时加路径而已。

要想永久性把改变PATH变量，还是需要把它加入到.emacs中去。

(setenv "PATH" (concat "/usr/local/bin:" (getenv "PATH")))
(setq exec-path (append exec-path '("/usr/local/bin" "/opt/bin")))

color-theme

安装color-theme，放在.emacs.d/site-lisp下，在.emacs里加入：

(require 'color-theme)
(color-theme-initialize)
(color-theme-robin-hood)

启动时加载color-theme，搞代码很伤眼啊 =,=

Maxima

Maxima是一个计算机代数运算系统，它是由MIT于1968至1982年间开发的Macsyma系统演变而来的。MIT于1982年将Macsyma源代码交与美国能源部（DOE），这部分代码后来被称作DOE Macsyma。DOE Macsyma的一个版本从1982年起由德克萨斯大学的William F. Schelter教授维护，直到Schelter教授于2001年去逝。在1998年，Schelter教授从能源部获得了授权，将DOE Macsyma源代码以GNU Public License版权协议发布。在2000年，他在SourceForge开始了Maxima项目，继续维护开发DOE Macsyma，自此该软件被称作Maxima。

在Emacs调用maxima是非常爽的，公式可以通过LaTeX表示出来，非常漂亮，把buffer保存为txt，公式将被保存为LaTeX代码。

ESS

另一个必备是ESS，可以在emacs调用R，解压放在.emacs.d/site-lisp下，在.emacs里加入：

(require 'ess-site)

ESS在我心中，完胜RStudio，唯一不足的是画图时要弹窗口，如果能够像imaxima一样，在emacs buffer中支持inline plot就完美了。

Markdown

Markdown-mode让emacs支持markdown语法，安装之后，需要在.emacs中加入：

;; markdown mode
(autoload 'markdown-mode "markdown-mode"
  "Major mode for editing Markdown files" t)
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.text\\'" . markdown-mode))
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.markdown\\'" . markdown-mode))
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.md\\'" . markdown-mode))

这样当在emacs中打开.text/.markdown/.md文件时，将自动加载markdown-mode。