ChIPseeker系列传送门

ChIPseeker这个系列，从《CS0: ChIPseq从入门到放弃》到现在CS10，总共11篇，第一篇以八卦开始，我想很有必要以八卦来结束。

ChIPseeker的开发源自于专家叫我为他人分析ChIPseq数据，我接触ChIPseq的时间也就三个月的时间，期间为了帮别人做嫁衣，造了这个轮子，然而专家在此期间，不断拖后腿，比如《CS9: GEO数据挖掘》中写的数据挖掘，专家跟我说，要把GEO所有BED文件打包供用户下载，这显然是不现实的，首先我们自己没有那么大的存储空间，专家还要求我打包在软件包里，你能想像你要用一个软件，那个软件却有几个T辣么大吗？不管我怎么说，专家都只会回一句：“相信我，我做为用户，我就想我给个数据，你把我的数据和数据库里所有数据比一遍”。你再讲的时候，他就只会回“相信我”，并且语气表现出不耐烦，你还能怎么样呢？这里的所有数据比一遍，也就是说你还得打包所有的chain files，然后跨物种跨基因组版本全都来一遍哦。臣妾真的做不到啊，比如一个人做果蝇，只想下果蝇的数据，他却只能把人鼠可能都不止几个T的数据下载下来，他只想比较一下果蝇的数据，快速看一下结果，但是却要等好久，让程序把人鼠斑马鱼线虫等全部都比一遍！这不科学！然而他是专家，我得相信他！

《假期如何假装我们还在工作？》一文里提到的嘉道理农场，我当时晚上在宿舍里就还在爬GEO数据，真的是「垂死梦中惊坐起，那人还在下文件」。

这是不可能的任务，然后专家还天天说“I want to see the paper”，软件搞不下去，文章还得写出来给他。当然我那时候并没有写文章，我只能说我还在搞，数据太大，还没下完。开组会问我有什么问题，我要是没问题，paper就得吐出来了，我已然得相信他，已经不能说数据太大了。我就拿chain file来说，我说太多的情况了，多对多的比较，问题比较复杂，我还在写代码（其实也就是一堆判断语句而已）。于是专家煞有介事地在白板上画起来，“来来来，让我教你写代码”，比如一个人拿了一个数据，你和数据库比一下，一对多，完。那来的多对多，简单得很。我解释说，一个人拿hg19的数据吧，一对多，另外一个拿个mm9的数据吧，一对多，我得应对用户不同物种、不同基因组版本的数据，这就是多对多。

然后专家又继续，就拿hg19来说吧，你所有物种、基因组版本全部用chain file转换成hg19，一比完事，一对多。

然后我再继续，再拿个mm9，以及其它，多对多。

专家又继续，就拿hg19来说，先不说mm9。

嗯如此反复，起码半个小时。所以这一天，从早上开始，我的心情已经不好，专家的心情也不好。大家都不耐烦。下午，专家又叫我用proteinPilot分析蛋白质组的数据，我说我们没有机器可以跑这个Windows软件，他要求我下载，于是我在我的MacBook下载了这个软件，让我点安装，于是我点安装，然而报错啊，不能安装，于是作罢。不要跟我说可以装palallel desktop什么的，实验室没给我配电脑，我自己2011年的笔记本是跑不动的。后面就是《我在MSnbase里做了什么？》的场景就出现了，同一天搞太多次，我的意志力已经消耗光了，一看到他就烦，他对我吼“我才是这里的专家”，然后起码数落了我一小时，我一直没回应，他则越说越来劲，说到我就像一陀屎一样，我最后讲了一句“我不干了”。当天晚上，他给我写了信，要求手写检讨书。专家还有学生曾经被罚站，他告诉我他想从窗口跳下去。

离开了专家的实验室，没有了专家的束缚，GEO数据挖掘功能我一下子就写出来了，按照我自己的意愿，我只提供数据检索和下载功能，至于要下载什么，要和那些数据做比较，全凭用户自己决定。

说到电脑，你们能想像一个做生物信息学的人，实验室不给配电脑吗？当时实验室只有一台机器，是公用的服务器，我给组装的，而且由于预算太少，连显示器都省了。所有人都是用着自己的笔记本，我自己买了个显示器带回实验室用，专家看到了，问我我的显示器是服务器配的吗？我说不是，是我自己买的，专家哦了一声，没下文。后来我拿去新实验室，老板看到问我显示器怎么跟别人的不一样，我说我自己的，老板就给报销了，这才叫老板！

曾经有人跟我说，受过我的指导，成功躲开了专家，我猜她是那个南开年级第一名的学生，拿了HKPF然后不来。然而这个人并没有联系过我，有能力的人，看到坑就跑了，而没能力的人老缠着你，想让你告诉他这不是真的，想让你跟他讲现实也没那么惨。

专家的学生要劝退新生，又怕被发现。用马甲联系了还没来入学的新生，导向到我这里来。我扔还给他们，让他去脸书找专家的学生问，这些可怜又可恨的人最终都会来。

专家也成了隔壁实验室的娱乐对象，比如读文献奖励小星星之类的，比如比惨之类的，也是一大贡献，保障了嘉道理其他实验室学生的身心健康。

专家现在招学生，都不敢跟他的学生讲了，因为之前讲了，他的学生就会去劝退，而这些人劝退，经常就会导向到我这里来，让他们看我写的东西，然后就不断有人想跟我求证，「这不是真的」，「其实还可以，只不过比较push而已」，「是不是因为我跟专家有过节，故意黑他」，我反正是晒了很多邮件、截屏什么的，我不会跟你们这些给自己灌迷魂汤的可怜人费口舌的，爱信不信，本故事纯属虚构，如有雷同，纯属意外。