为什么我要用某个基因组版本?
在上一篇文章中,我用了TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
。 hg19的TxDb, 或者有人就要问了,为什么不用hg38?
这个问题,不是说要用那一个,不能用那一个。而是你必须得用某一个,这取决于你最初fastq用BWA/Bowtie2比对于某个版本的基因组,你最初用了某个版本,后面就得用相应的版本,不能混,因为不同版本的位置信息有所不同。
当然如果要(贵圈喜欢的)强搞,也不是不可以,你得有chain file,先跑个liftOver,实际上就是在两个基因组版本之间做了位置转换。
为什么说ChIPseeker支持所有物种?
背景注释信息用了TxDb就能保证所有物种都支持了?我去哪里找我要的TxDb?
我写ChIPseeker的时候,我做的物种是人,ChIPseeker在线一周就有剑桥大学的人写信跟我说在用ChIPseeker做果蝇,在BED文件一文中,也提到了最近有人在Biostars上问用ChIPseeker做裂殖酵母。
首先Bioconductor提供了30个TxDb包,可以供我们使用,这当然只能覆盖到一小部分物种,我们的物种基因组信息,多半要从UCSC或者Ensembl获得,我敢说支持所有物种,就是因为UCSC和ensembl上所有的基因组都可以被ChIPseeker支持。
因为我们可以使用GenomicFeatures包函数来制作TxDb对象:
- makeTxDbFromUCSC: 通过UCSC在线制作TxDb
- makeTxDbFromBiomart: 通过ensembl在线制作TxDb
- makeTxDbFromGRanges:通过GRanges对象制作TxDb
- makeTxDbFromGFF:通过解析GFF文件制作TxDb
Continue reading