这是去年「知识星球」里的提问，「知识星球」相当于是众筹我一年的时间，向我提问，请谨慎入坑。

我当时就写了一个函数ggvenn，这个函数其实包装了venneuler，但由于venneuler依赖rJava，而很多小伙伴不会装rJava，而因此装不了yyplot，所以我去掉了这个依赖，但如果你想要用ggvenn这个函数，请自行安装rJava和venneuler。其实还有另外一个包，VennDiagram，它的输出是gList，所以可以直接封装为ggplot2图层，然而对于画venn plot，我并没有太多的兴趣，《CS6: ChIPseeker的可视化方法（中秋节的视觉饕餮）》一文中介绍的upset plot，可能更好一些。

要使用ggvenn是非常简单的，你只要给定一个matrix，这个matrix每一个column代表一个分组，数字0代表没有overlap，而非0代表overlap，数字的大小可以当做是overlap的加权。当然还支持别形式的输入，具体可以参考venneuler的文档。

set.seed(2017-11-08)
x <- matrix(sample(0:4, 40, TRUE, c(.5, .1, .1, .1, .1)), ncol=4)
colnames(x) <- LETTERS[1:4]
yyplot::ggvenn(x)

如果你跑上面的代码，你可以看到下面的图：

变成ggplot2出图的好处，我想不用多说，你可以用ggplot2的主题系列做点后戏，还可以用grid做后后戏，比如《一次解决ggplot2所有字体》，然后你可以用cowplot拼图，用ggimage图上嵌图，《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》，比如此处可以预告一下，我们可以把这个维恩图嵌在UpSet图中，正如我在《CS6: ChIPseeker的可视化方法（中秋节的视觉饕餮）》中嵌入一个vennpie一样。现在有ggimage，这些活都只是一句代码的事情。

一点都不YY的yyplot

知识星球解答范例