ggupset -- ggplot2版本的upset plot

在《一图告诉你venn plot和upset plot的关系》一文中，我们应该很清楚这两者的关系，upset plot是更清晰的呈现方式，而且能够支持无数多个分类，在《转UpSet图为ggplot?》一文中，又介绍了一个转化UpSetR输出为ggplot2便于嵌图和拼图的方法，但这个需要一个补丁，然后我提交的这个补丁，一直没有被作者接收。而且毕竟UpSetR是用grid写的，像grid这种高级货，玩起来还是有点难度，我一直在想应该有一个ggplot2版本的upset plot，最近就让我在gayhub上发现了。

这包已经在CRAN上，所以可以用最简单的方式安装：

install.packages("ggupset")

library(tidyverse)
library(ggupset)

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres)) +
    geom_bar() +
    scale_x_upset(n_intersections = 20)

它的做法是把x-axis给改了，不过我发现还有一个不太兼容的地方，你不能对输出使用theme，像上面的图，你如果+theme_bw()就会报错。但好在你可以在scale_x_upset前面加theme，也还OK。

比如你想应用theme_bw，则必须是：

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres)) +
    geom_bar() +
    theme_bw() + #加在最后则不行
    scale_x_upset(n_intersections = 20)

这样等同于说下面那部分，你没法用theme去控制，所以作者又提供了theme_combmatrix来控制下面那部分。

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres)) +
    geom_bar() +
    scale_x_upset(order_by = "degree") +
    theme_combmatrix(combmatrix.panel.point.color.fill = "green",
                     combmatrix.panel.line.size = 0,
                     combmatrix.label.make_space = FALSE)

用ggplot2的好处

用grid就是封装，ggplot2虽然是基于grid，但为什么大家这么爱ggplot2，因为它的设计是抽象，所有的东西是乐高块，我们可以自己拼，像上面所提到的，ggupset实现的是另一种x-axis，那么各种x轴是分类型变量的图，就可以应用这样的x坐标，于是有了自由的选项，高级的图应运而生。

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres, y=year)) +
    geom_violin() +
    scale_x_upset(order_by = "freq", n_intersections = 12)

df_complex_conditions %>%
  mutate(Label = pmap(list(KO, DrugA, Timepoint), function(KO, DrugA, Timepoint){
    c(if(KO) "KO" else "WT", if(DrugA == "Yes") "Drug", paste0(Timepoint, "h"))
  })) %>%
  ggplot(aes(x=Label, y=response)) +
    geom_boxplot() +
    geom_jitter(aes(color=KO), width=0.1) +
    geom_smooth(method = "lm", aes(group = paste0(KO, "-", DrugA))) +
    scale_x_upset(order_by = "degree",
                  sets = c("KO", "WT", "Drug", "8h", "24h", "48h"),
                  position="top", name = "") +
    theme_combmatrix(combmatrix.label.text = element_text(size=12),
                     combmatrix.label.extra_spacing = 5)

tidy_movies %>%
  mutate(Genres_collapsed = sapply(Genres, function(x) paste0(sort(x), collapse="-"))) %>%
  mutate(Genres_collapsed = fct_lump(fct_infreq(as.factor(Genres_collapsed)), n=12)) %>%
  group_by(stars, Genres_collapsed) %>%
  summarize(percent_rating = sum(votes * percent_rating)) %>%
  group_by(Genres_collapsed) %>%
  mutate(percent_rating = percent_rating / sum(percent_rating)) %>%
  arrange(Genres_collapsed) %>%
  ggplot(aes(x=Genres_collapsed, y=stars, fill=percent_rating)) +
    geom_tile() +
    stat_summary_bin(aes(y=percent_rating * stars), fun.y = sum,  geom="point", 
                     shape="—", color="red", size=6) +
    axis_combmatrix(sep = "-", levels = c("Drama", "Comedy", "Short", 
                    "Documentary", "Action", "Romance", "Animation", "Other")) +
    scale_fill_viridis_c()

ggupset -- ggplot2版本的upset plot

用ggplot2的好处

Guangchuang Yu