1月

很多人在网络上寻找帮忙而得不到帮助,通常是自己的问题,不要做伸手党,没人欠你一个答案。

2月

我给pheatmap加了个输出为pheatmap对象的功能,再给ggplotify写个方法,让pheatmap的输出转为ggplot,这样就可以不需要grid的知识也可以愉快地进行拼图了。

PS: 之前的版本,也是可以拼的,但你需要一点grid的知识。

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最近有一些考研失利的同学问我怎么申请香港的学校,其实我的经验并不多,因为我读博的时候,并没有想要去香港,在港大临近截止日期的时候,很突然地去申请,然后竟然中了。当然毕竟在港大也待了几年,要说经验,多少也是有一点的。

为什么港校是一个选择

美帝的话,基本上可以说已经没机会了。要的话,再过一年,请赶早。欧洲还是有些机会的,因为欧洲读博就跟工作似的,有时候有funding了,打了广告,就招人了。只不过你要时刻去留意,而且不一定能让你撞上。

而港大(其它香港学校我不了解),每年招3轮学生,分别在12月、4月、8月,刚好如果你考研或考博之后,不管考得好不好,都可以试一下,给自己多一个选择,因为4月31号截止,时间不冲突,完全赶得上。

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3D版邪恶的曲线

我的公众号biobabble第一篇原创文章《邪恶的曲线》,因为太邪恶,当时只推送给男性关注者,由于不是推送给所有人,所以历史记录是翻不到的,之前有再文字推送一下链接,结果评论区全是差评,我也是蛮囧rz的…

无意中我又翻到了一张2012年2月份画的3D版本,尽管你们要差评,还是想分享一下。代码就在截屏之中,想玩的话,可以照着输入,支持鼠标旋转哦,可以慢慢把玩(太邪恶了)。

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连遮羞布都不要,难道这是个一被子的故事?

事情开始于我整理并曝光了西安电子科技大学一个讲师读在职博士期间抄袭了两篇文章,并顺利拿到学位晋升为副教授的故事。

这个故事很精彩

亮点1: 期间发现了一条抄袭链,GOSim被DOSim抄,而DOSim又被HPOSim抄,抄袭者都在文章中把抄来的算法实现当成自己做的东西来介绍。

亮点2: ppiPre抄袭GOSemSim的文章,我跟BMC Systems Biology反馈了,而编辑部竟然各种包庇,最后抄袭者两面三刀,和编辑部黑箱操作,在未告知我的情况下,出来一个洗地的Erratum,把抄袭说成不好意思,忘记引用了。

整个过程连载于以下四篇文章中:

如果想要分享这整个过程,可以分享以下这个汇总的文章:

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薛宇这篇《BMC Systems Biology没有学术不端》写作水平还真是高啊,先来个不拉干的小事情,用了软件没引用,来铺垫并以此对抄袭事情进行定位/定性。再来一堆论据和结论不相关的逻辑来论证,好像很有道理的样子,不明真相(没有读我的4篇连载)的群众很容易就掉坑里了。

首先讲了他和R教授的故事,那只不过是用了工具没引用而已,和抄袭是两码事!试图把抄袭写成与此类似的「忘记引用」!

比方说我给R教授写信,就只是问有没有用我的工具。都是聪明人,话不需要说的那么透,点到为止就得了。那您要问,如果人家不回信或者耍赖说没用呢?很简单,三天不回信我会立马写信杂志社,说作者用了我的东西并且刻意没有引用也没有致谢,态度极其恶劣建议撤稿,并且把我三天前发的信抄给编辑作为证据。

为了把抄袭这种严重的事情与用了工具没引用这种简直太常见且不值一提的小事做类比,薛宇教授是用心良苦啊,把小事给说大了!

这就是牛逼之处,我不得不服,用小事与大事类比,将大事说小!将小事说大,让大事化小于无形中。

有德国学者使用了GOSemSim的代码设计了预测蛋白质相互作用的工具IntScore,发表在2012年的核酸研究上,作者专门写了一节来介绍GO的语义学相似性并且标明引用,所以这篇文章符合学术规范,没有问题。我们再看看DOSim,这篇文章里注明了GO注释的分析使用的是GOSim并且加了引用,所以也没有问题。

这段话很有水平,首先是不对等类比,以2012年NAR的符合学术规范的文章来类比一篇抄袭文章,试图化抄袭于无形中。

我们来看所谓的一节专门介绍和标明引用是怎样的:

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou