之前有写过读文献的文章，也介绍了如何获取文献，那是我还在读硕士的时候写的，覆盖了找文献、文献管理、下载文献、订阅期刊等方方面面，说到下文献，最大的神器当然是sci-hub，但是sci-hub的域名sci-hub.cc, sci-hub.bz, sci-hub.io纷纷都沦陷，最近国内有一神器geenmedical，整合了影响因子、引用数等指标，然而这一神器的下文献功能只是提供外链，有一种说法是geenmedical=pubmed+scihub，当然geenmedical的资源还可能来自于百度学术、researchGate等，不都是来自于sci-hub，然而我们必须承认的是最大的文献提供来源必须还得是sci-hub，所以如果sci-hub挂了，基于sci-hub的神器也就神奇不起来了。如果有人跟你说忘记sci-hub吧，用geenmedical，那绝对是标题党！这里并没有说geenmedical不好，它整合了多方面的资源并且本地化得非常好，很适合国内使用。

比如我在geenmedical里搜clusterProfiler，给出的下载链接第一个就是sci-hub的：http://doi.org.sci-hub.cc/10.1089/omi.2011.0118，然而这个链接是不可用的！当然它给出了比如百度学术的链接是可以下载到文献的。然而还是那句话，论「海盗精神」我只服sci-hub，虽然我之前也介绍了《sci-hub如果挂了，你还有神器下文献吗？》，但任何下文献的神器，在sci-hub面前都是渣渣。

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Scientific Report上有一篇文章是抄袭的，然而杂志最终决定不撤稿，而被抄的人是Johns Hopkins的，于是jh的人全都要离开Scientific Report的编委。我也被人抄了不撤稿，然而我人微言轻，不单被编辑部欺负，还要被我们国内生信界的网红欺负。

SR与jh的事情，我和BMC的故事，是相似的，我们可以想像这样的学术界惨剧比想像中的要多。学术圈，真是有时候得呵呵哒。

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My friend who doing his PhD study at Johns Hopkins just send me the link about a SR paper of plagiarism. I have very similar experence of a paper published on BMC Systems Biology, which plagiarized my work and the editor just decided to publish an erratum.

Deng etc. published an R package, ppiPre, that copied source code of my package, GOSemSim, and pretended that they developed these algorithms by themselves in their paper.

Here is the screenshot of the source code (left: ppiPre, right: GOSemSim).


You can find out more on my blog post.

As a developer of several open source software, I am glad that someone find my source code useful and happy if someone use my source code to make something better. But I am not happy if someone copies my source code by removing author information and changing function names to pretend the code was developed by himself. The situation is even worse in academic. Taking someone else’s works and passing it off as one’s own is definitely plagiarism and not allow in academic.

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在很久很久以前，当我还在用perl的时候，有一个TGen-EUtils的perl模块，可以去爬PubMed，我喜欢用它来画所谓的pubmed趋势，比如说我在2012年的时候，就画了各个组学技术的pubmed趋势，通过每一年的文章发表量来看某个技术到底火不火，走势怎么样。

当年microarray还特别猛，但显然可以看到二代测序必须要火，也可以看到proteomics在吹了几年牛B之后，有回落的趋势。

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在《你昨天才做的分析，可能是几年前的结果！》这篇文章的开头，我吐槽了WEGO+华大（虽然文章是转载自《嘉因生物》，但这段是我给自己加的戏码，广告后面才是原帖内容 -，-）。

这只不过是我任性了一番，因为华大的拥护者来骂人了，我真的不理解，如果我说错了，你们可以拿事实啪啪啪地打我脸的，为什么要骂人，所以我任性地再吐一口口水。

这里我必须承认，我说错了，华大用的WEGO不是那在线版的09年以后就不更新的WEGO，09年人的注释不超过7000个，华大给的报告有12929个（BP），当然也不是最新的，目前org.Hs.eg.db中GO的数据源是2017-03-29, BP的注释有16992个，比华大多了1/3，所以《你昨天才做的分析，可能是几年前的结果！》这篇文章要吐槽的依然对，谁知道差这1/3会发生什么呢。

> (16992-12929)/12929
[1] 0.3142548

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做为生物狗，我时常不知道自己在干什么，包括读文献，费了老大劲读一篇文献，然后经常也不明白人家在说什么。懒人需要借助神器，本公众号已经介绍了好几个神器，江湖传说收集7大神器，可以召唤出paper，渡自己毕业。

拿到一篇文献，先问一句，牛逼吗？靠谱吗？

我拿ARID1A去pubmed搜，第一篇文章《ARID1A-mutated ovarian cancers depend on HDAC6 activity》为例，2017年7月24号才上线的文章，请看下图：


IMPACT这里有期刊的影响因子20分，文章在社交网站上传播指数Altmetric 54分，文章在文献管理Mendeley中被收藏2次。这是3天前的文章，所以指数还不高，试想一下，文章传播越广，收藏人数越多，必定也就越重要，这给了我们评估文章的第一印象。这是3天前的文章，所以没有引用，如果有文章引用，这个神器还会列出来呢。

注意到AUTHORS没有？如果作者有ORCID主页的话，直接链接过去，我们可以去看作者们的publication列表、教育背景、工作经历等信息，牛人为自己带盐，牛人的文章我们更愿意相信。

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we’re talking about people who already are skating on the ethical edge (as scientists, we should always respond to serious criticism; if we don’t, that’s bordering on ethical violation already) – Andrew Gelman对此事的评论

我原以为邓岳是个学生，我的本意是要给他一个教训，制止这种行为，我不出来给他这个教训，早晚他也会为自己的投机付出代价，而且如果以后出现多次抄袭，直接会导致无法继续在学术界生存。后来我发现他还是个讲师，我觉得更不应该了，编辑部必须要对这件事做出处罚。这就是我的本意，让邓岳认识到错误，并为此付出应有的代价。

搞得我像祥林嫂一样到处找人说

然而编辑一直不做为，就逼得我只能借助于舆论，我本无意于去网上传播这件事，我写的博客，都是针对编辑部，最后我对编辑提议的处理方式表达不满之后，编辑就消失了，再也不回应邮件。我只能再写博客，再发动舆论，联系之前高调出来说撤稿了43篇文章的那些编辑，推特上也骚扰他们。微博上也AT西电官方微博，求转发之类的。虽然我没有想去闹大事情（尼马我也不想花时间扯这些蛋啊），但BMC就是逼着我跟他斗，而事情闹越大，对抄袭的人来说，越是不利，搞不好学术界就不用混了。谁都不傻，所以终于坐不住给我写信。

其中说到“1、2月份和您邮件沟通”，只是说了按照CRAN policy改了代码，并把我列为作者，而后面我回应把我名字从软件包作者中去掉而已。

他的邮件大概讲了和编辑并无操作，软件包已经按要求更新，犯错是源自于无知。

这事最后怎么处理？

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