PubMed没有停更

在一篇文章《pubmed停更?和你没半毛钱关系!你们是想放假想疯了吧?》我就解读了所谓的停更,根本不碍事,然后又分析了事情只是被自媒体拿来博眼球而已,真正受影响的NCBI数据库没人说,而PubMed停更的可能性不大。

Because of a lapse in government funding, the information on this website may not be up to date, transactions submitted via the website may not be processed, and the agency may not be able to respond to inquiries until appropriations are enacted.

这个消息,很多人上pubmed看到,就打鸡血了,哟哟哟,号外号外大新闻,真的有过过脑子吗?

transactions submitted via the website may not be processed


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ggplot2的一个坑

今天以ggplot2的一个坑来说一下,坑无处不在,防不胜防,你大可以试一下下面的代码:

> set.seed(123)
> require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
> rnorm(3)
[1]  0.8005543  1.1902066 -1.6895557
> set.seed(123)
> rnorm(3)
[1] -0.5604756 -0.2301775  1.5587083

在两次set.seed和rnorm之间,第一次因为加载了ggplot2,结果就不一样了!这必须是第二次是正确答案,也就是说加载ggplot2把你的seed给吃了!加载包会改变R环境?这绝对不是好主意,我们来试试加载别的包试试,比如我的clusterProfiler:


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PubMed停更?

今天学术圈刷屏的是美国政府关门,pubmed停更,有些标题党说成了美国政府破产,又说得好像中国人的科研也要跟着放假似的,还一堆人疯传,似乎暗示着pubmed也关门,而且没有pubmed会死一样。所以我感觉有必要普及一下姿势,毕竟吃瓜的人群基数太大。

Holy shit what a fucking disaster, pubmed is such an amazing resource, unbelievable the US would let it waste away. What an embarrassment of a country.

气愤归气愤,但标题党甚至于跑偏了就不可取了。无非只是停更,也就是说文章该发的照样发,只是暂时不会被收录进pubmed而已,也就是说pubmed照常用,只不过搜不到最新的文献,如果说这样就可以去放大假了,那么似乎如果不停更,你看多了几篇新文献,就能够发paper,迎娶白富美了?而看少了这最新的文献,就秒变科研屌丝,可以回家睡大觉了?

The website continues to work. The shutdown will be over in a few days and everything will go back to normal. You can also use Google Scholar, Web of Science, and Scopus.

事实上,pubmed只是一个搜文献的数据库,它停更,文章照发,而大家可以通过别的途径去获得,如果你只有这一条途径,那么你做科研也确实少了点B数。上面提到的google scholar很多人可能上不去(梯子在这里),而Scopus是要收费的。然后途径是很多的,


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之前的《如何获取文献》介绍了方方面面,不单单是下载文献,而对于下载文献,scihub必须是首选,虽然我们有备选方案《sci-hub如果挂了,你还有神器下文献吗?》,但总是没scihub爽,之前介绍了用洋葱链接,《再不用担心打不开sci-hub了 听说你也在读文献》,在写这篇文章的时候,我还测试了一下,现在依然可用!

目前挂掉的scihub镜像已经很多,导致很多人认为scihub没法用了,其实还有很多的镜像是可以用的,当然能用的,以后也可能会挂,但新的镜像我相信还是会不断出现的,大家且行且珍惜吧。


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画一只恐龙

大家是否还记得我的《webinar录播 (2017-10-24):plotting tree + data》,这可以说是R画图最好的课程,PPT也分享给大家《ggtree直播PPT第一部分》和《ggtree直播PPT第二部分》。

我在PPT中,用了meme,发现没有R包可以做,于是我写了一个R包来做这个事情。

后来又写一个R包来实现字体的阴影效果:


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最近似乎就oncotarget是否要被SCI踢出来这事情,真真假假的报道挺多。以我的观点来看,它被踢是正常的;它不被踢也迟早要被踢!就像当年它的影响因子还在7点多的时候,我就预言oncotarget药丸一样,结果就直接掉到5点多,然后关于神刊的报道就开始多了起来。

话说我在某高校工作的时候,有一个同事,他跳槽了!跳槽前各种暗渡陈仓,压着文章不发表,蓄谋已久的事情,然后就在跳槽的当年,可能为了掩饰,当年还继续招生,结果当然坑惨了那一届的学生,当然前面两三届也惨,因为数据压着不发表。

虽然离职前和旧单位签了协议,数据是在旧单位做的,发表文章旧单位必须是通讯作者,仅此而已,反正都是他通讯,挂两单位而已嘛,这在学术界再正常不过。此人去了新单位之后,本来该发文章了,原来的学生干了几年,也该给人一个authorship了,然而他把新单位的领导放在了第一作者,自己当了通讯,原来的学生嘛,见鬼去了,其他作者多半是他的新同事/学生。当然通讯也没挂原单位,对于没有社会契约精神的人来说,协议就是一张废纸。


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使用新姿势玩KEGG

有小伙伴说他要用gage这个包,因为可以选择sigmet这个index,然后得到的结果只有signaling and metabolic pathways,而不会有他不关心的disease pathways。然而也有各种不爽,他最喜欢的还是clusterProfiler,但没办法只做某些pathways。

我发现大家对clusterProfiler有各种误解,各种觉得没办法,我也很无语啊,明明我写了大量的文档,你们偏不看。clusterProfiler啥都可以做,你想做COG,domain这些没有内置支持的富集分析都可以的,因为clusterProfiler是通用的分析工具,啥都能做。

说到gage的pathway index,这其实是他们对pathway有个分类,这个数据就在https://pathview.uncc.edu/data/khier.tsv可以下载到,要支持他还不容易,但我不喜欢把别人的东西打包在自己的包里,所谓走别人的路,让别人无路可走,这可不是什么好主意。所以呢,我不会内置支持的,你们自己玩。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong