说到世界杯,我是不追的,但1998年法国世界杯我还是有印象的,那时候读初中的我,一直在集邮,那年代没有网购,通讯基本靠吼,当年的我已经是个老司机了,通过邮政汇款,买了好多东西,包括1998年世界杯从法国寄往中国的首日封,当然锁在老家的柜子里,尘封多年,所以我现在也没办法随手拍一张照片给大家分享。

另一件事,同样是1998年,那年升高一,开学第一天,老师让大家自我介绍一下,有位帅哥在见面第一天,就立了flag,说自己中考没考好,是因为看世界杯了,他高考必定要怎么样怎么样,毕竟世界杯是四年一次。你一个交钱进学校的学渣,牛逼吹大了,我印象深刻,所以我后来留意了一下这家伙高考上了那家高校,结果是「中山大学网络教育学院」,也就是电视大学!真的是情节反转如疾风!

转发5个群,Y叔送你一顶帽子》这一篇文章写的是加圣诞帽子,但你要加个C罗、梅西,有什么差别吗?没有!你要加某球队的队服,有什么差别吗?没有。所以要制作世界杯专属头像,已然可以用ggimage纯代码生成。


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ggtree画树是不带root edge的,之前在《中空的环形树》一文中,有用户想要加长长的root edge,这样变成环形树的时候,就可以用这个root edge把树给顶出去,这个我给出的解决方案是留白,大家可以回过去看那篇文章。

然而root edge在某些时候还是需要的,我其实也一直有要写的想法,不过因为不是特别需要的东西,一直也就放着,刚好最近有用户在feature request,想要画root edge,于是我就实现了geom_rootedge图层,当你加这个图层的时候,root edge就自动画上去了。


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试想一下,每次重装系统,都要安装一堆常用的小软件,7zip, notepad++, filezilla, winrar等等,每次都要搜索下载地址,下载,安装,摆明了是木兰要从军一般,“东市买骏马,西市买鞍鞯,南市买辔头,北市买长鞭”,当然Windows现在也有各种软件管家之类的软件,但很多是流氓软件,要带各种全家桶的,我宁愿自己来一次木兰从军记。

大家都喜欢Linux的包管理,比如apt-get,而OSX也有homebrew,可以brew install一大票Unix-like的软件,而Windows用户只有羡慕的份,上面提到的流氓软件管理,当然也是装不了Unix-like软件的,所以我们羡慕,我们妒忌,外加恨!


今天要跟大家介绍一个为windows设计的包管理器,Chocolatey,有了它,你也能choco install wget, choco install docker这样装软件了,不用再羡慕水果用户,不用再木兰从军般装软件了。

Chocolatey is a package manager for Windows (like apt-get or yum but for Windows). It was designed to be a decentralized framework for quickly installing applications and tools that you need. It is built on the NuGet infrastructure currently using PowerShell as its focus for delivering packages from the distros to your door, err computer.


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github被微软收购

微软以75亿美元收购全球最大的单身交友网站GitHub,应景分享一张图片,其实这图大家并不陌生,在《听说你还不会画热图》一文中,大家早已见过。

这图实在太好玩,被套在各种场景上,今天就要教大家怎么用R,纯代码生成这样的图,简直是吐槽神器。这类图可以归入meme,画meme,当然少不了我写的meme包,这包收录在CRAN中,点击下面链接了解一下:


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kopernio是个浏览器插件,可以通过http://kopernio.com/获得,现在这类插件其实挺多,当然多半是结合sci-hub,而sci-hub也是下文献领域绝对的王者,而且很多插件还有额外的一些功能,比如显示影响因子之类的,甚至于还有些给加二维码,微信扫一扫直接把文章分享到朋友圈,反正是啥都有人干。所以虽然我知道这个插件已经很久了,我一直没有介绍它的原因就在于此,它似乎也并不出彩。

但今天我要介绍它,因为当你打开它的主页时,你会发现赫然公布着一个消息:

We are excited to announce that Kopernio has joined Clarivate Analytics, the home of Web of Science and the Journal Impact Factor.

它被Clarivate Analytics收购了,已经是Clarivate Analytics旗下的产品,这意味着以后可能会与Web of Science有更好的整合,它现在支持PubMed和Google Scholar,以后支持Web of Science肯定不在话下,现在是给你一个按钮,直接点击下PDF,以后可能通过整合Web of Science,比如给你期刊的影响因子、学科排名等Clarivate Analytics的拳头产品。


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这是CJ在我的星球里分享的一个关于饼图的实现方式,代码的排版太差,还有一点是对于普通用户来说,还是有点难度,如果是我,必须是写成函数,直接出图。


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ggplot2字体溢出的那点破事》这是经典老问题了,现在新版本的ggplot2有新的解决方案了,在coord_cartesian中新加入了clip参数,这样可以支持把图层画在画布之外,那么文本打过界也就支持了。这有一个好处,是可以支持direct label,而不需要调整xlimylim,毕竟你把xlimylim搞大有时候会给人以误导,认为你的数据取值范围就是图中的xlimylim,但实际上要小一些。

我以ggtree为例,为了让tip label打全,那么p1把时间给搞到2020,但实际上最近的采样时间是2013年,这样你单看x轴的标记,总感觉有一点点不对路,或者有一点点别扭。现在好了,我不设置xlim,而是让label打过界,当然还是需要有足够的空间来放这些文本,这个可以通过把margin搞大来实现。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong