据说1024是程序员的节日,就在这一天,Y叔开始了第一次的网络讲座,首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。

很多人想要学ggplot2 + ggtree,但我的定位不是技术性的培训,而是学术讲座,所以一开始把问题摆出来,是有一些问题存在,有knowledge gap,然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大,我在介绍ggtree的之前,也帮大众撸了一篇R的画图,在这简短的时间里,你应该了解了R几个画图系统的关系,base和grid我在slides里写graphic system,但lattice和ggplot2我写的是data visualization system,我对它们是有区别对待的,像lattice和ggplot2自己是不成一体的,但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2,知道要怎样去入门,知道重点该学什么。

有了这个基础,ggtree用起来就像老朋友,「在哪里?在哪里见过你?」、「是你,是你,梦见的就是你!」。ggtree完全支持ggplot2的语法,并且提供了很多图层可以用于进化树的注释。支持解析常用软件的输出(软件常用,但输出没法读这种怪现象,被ggtree干掉了)并且分析结果可以直接用于进化树的注释。第三点是解决了树+数据的整合问题,两种方式和两种方案。最后以ggtree可以通过其它包来增强,比你想象的还要牛来结束。

我希望通过这次讨论,可以给大家一个印象,很多你之前不敢想、想不到的事情,现在是可以做的。第二点是我在讲的时候特别强调的,对于可视化来说,呈现数据、帮助解释结果只是一小块,套路虽然得人心,但自己的数据不能自己把自己给套路了,可视化的重点是探索数据,帮你找scientific insights,而探索数据恰好也是ggtree的强项。即使你不用ggtree,甚至于不用R,这个观点也希望大家能记住,是时候学一点编程了,因为编程给了探索数据的可能性,给了你不被套路的可能性!再牛逼的技术、再fancy的图,抵不过一个人在角落里哼哧哼哧地琢磨自己的数据。I care才是最重要的。

由于系统的原因,人数大概稳定在200多,很多人嗷嗷叫,表示进不去,但没关系,你们还有录播可以看。现场评论区有个中东人,在一开始就一直在问能用英语讲吗?他听完最后又冒出来说听不懂中文,心疼他几秒钟。