R-3.5.0发布,又该升级了
R 3.5.0
已经发布了,我昨天已经更新了,Bioconductor也将在5月初发布3.7
版本,就我个人而言,新版的Bioconductor主要有以下一些新东西:
enrichplot
新包enrichplot
,《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔
》,以后clusterProfiler
系列出图更好看了,而且所有图你都可以用cowplot
拼图。
treeio
《treeio: 进化树基础类和方法》,treeio
把ggtree
读树的功能分离出来,重写了很多代码,现在更少的类定义,代码更加稳健,然后两条腿走路了,不单单可以读,还能写BEAST兼容的文件,也就是说你可以拿它来转换格式,把树和相关数据写出为单一文件。另外还支持了读edge list为树对象,比如通过igraph::graph.tree
产生的图,你也可以用treeio
转成phylo
或treedata
对象,然后用ggtree
可视化了。
ggtree
ggtree
对图片的支持功能,被切分到ggimage
包里。现在ggtree
对图片的支持更易用,更好了。不信请看《Y叔不想养蛙,只想养你!》一文的演示。
回到更新的问题,这次R是必须要更新的,它整合了ALTREP (Alternative Representations for R Objects),现在内存占用更少,速度提升也很明显。更新软件,我之前写的《软件更新大法》是必看的,无痛升级。再者升级之后,你所有R包都要重新升级安装,那么用我的rvcheck
包,《Update R packages》,它可以更新你所有的R包,CRAN, Bioconductor, GitHub通杀。一条update_all()
指令,让升级变得很安逸。