如何定义基因下游的区间

November 22, 2018 in R, ChIPseq

首先基因下游是什么？

我们知道上游很重要啊，因为可能会调控转录，但注释的时候，没有上游这个东西，为什么呢？因为转录起始位点TSS的上下游被定义为promoter，所以啊上游被包括在promoter中，也就没有上游这个category了。

那么转录终止位点TTS的上下游呢？上游还在基因主体里，它可以是外显子、内含子、3’UTR这些，优先拿这些来注释，而下游呢？基因间区！基因间区就是各种不编码蛋白的区域，当然也可能编码一些非编码RNA之类的，这一块从基因的角度来看，是比较‘没用’的。但对于TTS后面紧接着的基因间区，它可能对基因的转录还是有些影响的，所以单独拿出来，就是这里要说的downstream了。

所以一个基因主体的immediate upstream，包含在promter里，而immediate downstream，我们也单独拿出来注释为downstream，这两块其实都在基因间区，但被我们拿出来了，因为和基因直接连接，很近的区域，可以说这是近端基因间区。而其它的基因间区，我们称之为远端基因间区，distal intergenic.

Does anyone know how to set the downstream range for the peak annotation? It seems the default setting of downstream is 3kb. I would like to set the downstream range from 3kb to 500bp. Thanks

这是Bioconductor上的问题，https://support.bioconductor.org/p/103135/，事实上在早期的版本，这是hard coded的，写死在里面，现在的版本是可以由用户自己定义的，但我在写这个的时候呢，我觉得annotatePeak已经有很多参数了，我不想把参数列表搞得又臭又长，所以呢，就变成了黑魔法，使用options来设置。比如说上面提问者想要的500bp，就可以通过下面的指令来设置：

options(ChIPseeker.downstreamDistance = 500)

Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong

no post found

那些我讲过的oral

Apr 4, 2019

2016潮博沙龙

《潮博沙龙》系受到潮博群里大家的邀请，应邀去普及一下生信以及介绍自己的一些经历。

2016中国R语言大会

中国R语言大会，我到目前为止，只参加过2016年那一次，也就是第9届，那也是首次有Bioconductor分会，并且还邀请了bioconductor的老大martin morgan，我当时也是受邀请去参会的，虽然会议在人民大学举行，虽然主会场和其它分会场都是讲中文，但bioconductor分会场是要求讲英文的。因为主讲人一半是歪果仁，一半是中国人，而3个中国人之中又有两个是美帝来的，只有我一土鳖。本来邀请人跟我提了一下ChIPseeker，暗示可以讲这个包，但我强行去讲ggtree，然后会后，很多听众问我clusterProfiler的问题，也是挺尬聊的。

我不会用illustrator，只会用ppt！

Apr 4, 2019

当年我准备考博的时候，健康院某PI（本来的意向导师）找我帮他在iMac上安装盗版的Papers（文献管理器）和Illustrator（PS的兄弟），安装后，跟我说：“我们做科研的，最重要的软件就是Papers和Illustrator。”，当然后来感觉挺坑我，就放弃了。

这么多年过去了，至今这两个软件我都没用过！我画图，追求的是全部由代码产生，至今还没有修图的需求，也就没有试过Illustrator了。

Illustrator必须有些门槛，而且关键是Adobe绑死在PDF上，实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint解决，剩下那20%，反正也不常用。而PowerPoint的优点是没有门槛，傻瓜式操作，像我这种怀疑自己智商的人，都会用啊！

要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！

要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！

要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！

biobabble的作者们

Mar 3, 2019

在《R-3.6 – set.seed》和《欧式距离如何应对缺失值？》中暴露了biobabble作者群，今天就来揭秘一下。

凡是给本公众号投过稿，或者是被我约过稿的，都会被我拉入群，目前在群里有8个小伙伴，分别是有原创文章发表在biobabble公众号的，其中有介绍自己的软件工具的，包括scihub_ck，csvtk，bioView, basicTrendline等优秀作品，首次在公众号平台上介绍。

欧式距离如何应对缺失值

Mar 3, 2019

biobabble作者群有一个小伙伴提出来的问题。

没错，凡是给biobabble投稿的小伙伴都会被拉入作者群。

话说有一个矩阵，我们让它某个值缺失，算出来的距离和原来的竟然是一样的：

> dat = matrix(1:10, 2)
> dist(dat)
         1
2 2.236068
> dat[1,1] = NA
> dist(dat)
         1
2 2.236068

这有点反直觉，实际上你再搞个缺失值，它算出来还是一样的：

> dat[1,3] = NA
> dist(dat)
         1
2 2.236068

但以我的经验，我通常不敢轻易说人家有bug，我们得确认一下。

ggupset -- ggplot2版本的upset plot

Mar 3, 2019

在《一图告诉你venn plot和upset plot的关系》一文中，我们应该很清楚这两者的关系，upset plot是更清晰的呈现方式，而且能够支持无数多个分类，在《转UpSet图为ggplot?》一文中，又介绍了一个转化UpSetR输出为ggplot2便于嵌图和拼图的方法，但这个需要一个补丁，然后我提交的这个补丁，一直没有被作者接收。而且毕竟UpSetR是用grid写的，像grid这种高级货，玩起来还是有点难度，我一直在想应该有一个ggplot2版本的upset plot，最近就让我在gayhub上发现了。

这包已经在CRAN上，所以可以用最简单的方式安装：

install.packages("ggupset")

library(tidyverse)
library(ggupset)

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres)) +
    geom_bar() +
    scale_x_upset(n_intersections = 20)

你还在愁毕业？隔壁实验室的小哥从网上抄了几十行代码打了个R包，发了SCI，毕业了！

Mar 3, 2019

你是否对《R包辣鸡之CorMut》之篇还有印象？没有的话，快点打开阅读一下，这文章让作者毕业了，毕竟发表的是一篇Bioinformatics。

《[连载3]：辣眼睛，一篇抄袭引发的系列血案！》，而这一篇文章中揭露了某讲师抄袭了两个R包，晋升副教授了！文章中还稍带了另外一个学生也是抄袭，当然也发表了SCI，也毕业了。

今天讲另外一个R包，它做下面的事情：

当然前面的事情是goseq干的，它的功能就是衔接了goseq的输出，让我们还看看它每一步都在做什么。

港校申请指北：考研考博失利之后的另一选择

Mar 3, 2019

最近有一些考研失利的同学问我怎么申请香港的学校，其实我的经验并不多，因为我读博的时候，并没有想要去香港，在港大临近截止日期的时候，很突然地去申请，然后竟然中了。当然毕竟在港大也待了几年，要说经验，多少也是有一点的。

为什么港校是一个选择

美帝的话，基本上可以说已经没机会了。要的话，再过一年，请赶早。欧洲还是有些机会的，因为欧洲读博就跟工作似的，有时候有funding了，打了广告，就招人了。只不过你要时刻去留意，而且不一定能让你撞上。

而港大（其它香港学校我不了解），每年招3轮学生，分别在12月、4月、8月，刚好如果你考研或考博之后，不管考得好不好，都可以试一下，给自己多一个选择，因为4月31号截止，时间不冲突，完全赶得上。

听说你想把pheatmap和ggplot2拼在一起

Mar 3, 2019

在《一个更好用的pheatmap》一文中介绍了pheatmap的新功能，它输出为一个pheatmap的对象，这个对象在终端上打出来，会出来图，你可以用ggplot2::ggsave()来保存图片，文章的结尾处卖了一个关子，就是用cowplot来拼，这个有许多人问过我，因为大家一般都认为cowplot只能用于ggplot2的输出，pheatmap感觉好像不太行，而且在很多人的感觉中，画图代码不是ggplot2写的，就是base写的，而pheatmap看上去就像是base一般，其实它是grid写的，我在下面两篇文章中都有示例代码，用于拼pheatmap，不过一般人看过了，也只是留下一点印象，终究还是记不住，因为涉及到grid的知识。

现在我们有一种你一定能记得住的方法了，以后再也不用问pheatmap怎么拼图了，首先pheatmap产生的是一个对象，然后这个对象我们可以用ggplot2给画出来，然后自然而然你能够用cowplot去拼，再熟悉不过了，如果这都不能理解记住，那我也没办法了。

请问，你是要我帮你google吗？

Jan 1, 2019

怎么提问，是需要学习的

我写过不少文章，都有提及提问的礼仪，会提问的人，比较容易得到帮助，而不会提问的人，理你才怪，比如说明明出错信息很明显，还给了你解决的提示而你却不看。举个例子现在需要编译的R包，如果缺少库文件，报错的话，一般会提示你Debian/Ubuntu系列apt安装什么包，Redhat系列yum安装什么，MacOS的话，brew安装什么，你按照提示装上再说，你不懂的话，你还不会把出错信息贴出来google一下吗？一般都有人解决了。一个错误的示范

clusterProfiler事后丸: 转换ID为SYMBOL

Jan 1, 2019

有一些软件做了检验之后，是不告诉你那些基因在某个富集的通路中，显然做为生物学家，是对此有兴趣的。clusterProfiler系列，全部函数都会输出，但看基因ID，比如ENTREZID或ENSEMBLE，这些都对人类不友好，看了你也不知道是什么，为了让大家看结果的时候，还能有点感觉，我们需要把基因翻译成symbol，有那么一批函数比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable参数的，但有一些是没有这个参数的，我被问得最多的是KEGG的分析为什么没有！

首先GO为什么有？因为enrichGO和gseGO都是使用OrgDb，而OrgDb本身带有ID转换的注释，而KEGG是在线去检索KEGG数据库的，KEGG并没有提供这些信息，当然对于少量大家比较熟悉的模式生物，要支持还是很容易的，然而有些物种支持，有些不支持，大家又会问了，凭什么我做的物种被BS了。所以啊，大家都不支持，挺公平。其实KEGG数据库里那么多的生物，很多物种是没有基因名的，有很多生物的注释还停留在基因座，你让我帮你转ID，臣妾做不到啊。

但起码对能支持的物种支持一下呗，以我一贯的作风，能帮小白解决的小问题，我都会去解决。于是我们有setReadable函数。但凡你能找到一个OrgDb，你就能用来转ID，就这样。