MEE在18号出版了今年（第8卷）第1期，ggtree正好在这一期出版，一经出版就有几条推在传播, 我也是在推特上看到，才发现，哦原来我的文章出版了。然后我又发现2017年新鲜出炉有了一篇PNAS的引用。
我以前没接触过进化，来了现在这个实验室，发现可视化是个大问题，大家都在用AI，慢慢地抠，对于一些和进化树相关的数据，自己一点一点地在AI里面加上去。甚至于genotype table是一个框一个框地在AI里面加的。一方面画一顆树可能用掉你几天的时间，另一方面，太容易出错了，再者你花的时间并不能转化为生产力，每一次你都要这么搞！这简直就是水深火热啊！
我也帮师兄写过一些代码，给定进化树上节点的序列，我比较父节点和子节点，把碱基或氨基酸替换写到newick树的node label，然后就可以用软件展示序列的替换情况。教会了师兄，他再去给他的师弟师妹们演示，说以后咱们可以这么干了，一个个觉得很牛逼，我内心想的是，愚蠢的人类啊，node label只能存一个信息，牛逼的方式应该是可以展示多个维度的信息，通过图层自由组合。这个时候我就产生了要写ggtree的想法。
曾经QQ上有人叫我帮忙，跑某个R包做个分析，我一看那包，一堆bug，显然不能用，那就不是简单的事了，我可没空帮他写代码，于是他就经常恶心我，有事没事就来说我写ggtree没意义，不是实质科研，不如跟他做点牛逼的，不如再写个R包干他那事。昨天用马甲在进化群里问画树，我还热心贴个代码给他，说看不懂，我在群里说了，我写个文详细介绍一下。然而他的马甲身份暴露啦，所以今日跳票，我写好的文也不发了，你牛逼就不要用马甲来骗代码呀，ggtree没用你不要用呀，叔就是这么任性😎
之前讲过某个R包我一看一堆bug，直接放弃，今天倒是拿出来晒一下，不为别的，我只想说一句，一知半解是很危险的，盲目相信软件也是很危险的。
接下来要出一个ChIPseq系列，讲一讲ChIPseq和我的ChIPseeker包，从入门到放弃是我自己的个人写照。我做ChIPseq总共也就3个月的时间，做的事情并不多，在一知半解的情况下写下了ChIPseeker包。
我当时被要求做ChIPseq分析是为他人做嫁衣，而且是完全白干那种，但做为学生，白干也得干。
当时一开始使用ChIPpeakAnno做注释，但用UCSC genome browser检验结果的时候，发现对不上。在对ChIPpeakAnno包不满意的情况下，开始着手写ChIPseeker，其实在使用ChIPpeakAnno的时候，我就有写代码对结果做一些可视化，所以未有ChIPseeker先有ChIPseeker的部分可视化功能。当时写了篇博客文说ChIPpeakAnno的问题，一个月后就在Bioconductor上发表了ChIPseeker，这包完全是我半夜在宿舍里写出来的。
Hi,
I know this question has been asked before a long time ago and I don’t see an answer of that question in the mailing list or in the vignette of GOsemsim package. So I was wondering what is the easiest possible way of calculating GO semantic similarity value for orthologus gene pairs between two species using the above R package or any other package you know of. I am not doing this for less annotated species I need to calculate that for orthologus genes between Human and Mouse (both of which are well annotated IMHO). So I would much appreciate it if anyone who has already done this before can point me to a resource which already has pre-calculated semantic similarity values for Mouse and Human orthologues or has inbuilt code to do that.
Thanks & regards
这是Bioconductor support site上的问题，问的是他想要计算人类和老鼠的直系同源基因通过GO注释来计算语义相似性，问GOSemSim是否支持，这个答案是yes and no。
之前帮助高老师实现比对序列的做图，把代码打包为R包seqcombo，方便安装使用。花两小时的作品，发现还有些用户在使用 -，-
之前有人联系我说安装不上，我觉得不应该有这个问题，因为是纯R代码代码，不涉及到编译，源码包安装不应该有问题。但既然有人问，又都是windows用户，我想可以给他们提供编译好的windows包，简化安装过程（这么体贴用户，我都要被自己感动了）。
放在CRAN或Bioconductor上的R包，CRAN和Bioconductor会编译出不同平台的二进制包，但seqcobo放在github上，只有源代码，没有预编译好的包，但没有不是问题，我编译好放上去就行了。
但问题是我没有windows！多年来一直是OSX和linux，MacBook Pro跑Arch Linux，一台iMac跑OSX，我自己根本没有跑windows的机器，所以难为无米之炊，借台机器总是有的，但总不能每次一更新，就拷个代码去别人的机器上打包，再拷回来上传到网上，想想也是蛋疼。
所以没有windows，这事干起来还不太容易，！在想怎么来无中生有生出个windows包出来的时候，我想起了rhub，也是因为没有windows，之前就用rhub来进行windows平台的R check，在把代码push到CRAN或Bioconductor之前，我总会测试没问题了，再提交代码过去，而rhub正好可以给我提供windows平台的检测。
