大量的生信公众号在各种linux入门、perl入门、python入门、R入门、软件安装、跑跑示例代码、流程。我自己平时根本不会去看这些生信号，在《s01 - Counting DNA Nucleotides》一文发出去后，就被爪哥说不能跟着走低端路线，囧rz…
还好我多半写的是自己的东西，目前还没有掉进「低端」的坑里，今天继续画图，唯有赏心悦目的图能抚慰人心。
我写了一个包叫《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》，从此图上嵌图（ggplot对象）或图片变得轻而易举。某一天写着玩，写了个《geom_pokemon: 使用pokemon画图》的图层，引起了人民群众的尖叫，国外有妹纸用来可视化NBA数据《大开眼界+多图慎点：Pokémon x NBA and other fun with ggimage》，国内有汉子用来可视化复旦大学考研的报考专业《你的专业是那一只Pokémon神兽？》。
小伙伴发来这个文章中的图，想要实现类似的图，用变量给axis text上色，并生成legend：
这个可以说ggplot2是不支持的，aes映射不会被应用于axis上，而theme也不支持aes映射，你只能自己手动搞个color vector传给theme来上色，但这无法生成legend。
我只能打开脑洞，legend借助于额外的图层来生成，但这个额外的图层又不是我们想要在图形上展示的，这又是个无米之炊，我能想到的就是让图层透明，实际有，但你看不到，当然这样自动生成的legend也会看不到，但legend可以后面再修改，于是这不支持的事情，就通过变通变得可能：
require(ggplot2)
set.seed(2017-07-04)
d <- data.frame(x = letters[1:5], y = rnorm(5),
group = sample(c("Control", "Treatment"), 5, replace=TRUE),
type = sample(LETTERS[1:2], 5, replace=TRUE)
)
p <- ggplot(d, aes(x,y)) +
geom_col(aes(fill=group))
这个代码很好懂，画一个柱状图，按group上色。
2017眼看要结束，立下写《CS0: ChIPseq从入门到放弃》的flag还没完成，当时ChIPseeker是33个引用，现在已经80了，时间过得好快。
最近放羊的Jimmy给我发来了一个截屏：
说了一篇新文章，大段在称赞ChIPseeker：
在《你所不知道的，R的N种打开方式》一文中，我介绍了R的N种界面，这里将介绍一个用python写的极其现代化的R命令行界面，rtichoke（之前叫rice）之于R，就像ipython之于python一样。
最初github上用户（@JustGitting）报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118
我表示这确实是不行的，然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好，我只实现了equal angle algorithm，在写注释图层之前，如果我有时间的话，我希望可以先实现更好的layout algorithm。
然后JustGitting表示，他发现python的ETE和R的ape，在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm，有没有什么参考文献，或许他可以帮忙实现，因为他觉得ggtree是最成熟的软件。
