微信公众号的后台排版功能很差，要想让读者阅读起来舒服，写作的人要花很多时间，于是出现了像秀米这样的第三方排版网站，即便如此，要想排出好的版面，仍然是件耗时的事情，而且像在文章里贴代码这种小众需求，是不被支持的，代码就像普通文本，那叫一个乱。
好在微信平台是支持富文本的，我们复制粘贴过来，格式都还会在，像抄我ggplot2那篇文的生信人，就是完全复制粘贴的，还是我博客上的排版，当然它到了公众号上就乱了，我们其实很容易发现很多复制粘贴的，都没自己排一下版面，直接ctrl-C, ctrl-V一点诚意都没有。
曾经QQ上有人叫我帮忙，跑某个R包做个分析，我一看那包，一堆bug，显然不能用，那就不是简单的事了，我可没空帮他写代码，于是他就经常恶心我，有事没事就来说我写ggtree没意义，不是实质科研，不如跟他做点牛逼的，不如再写个R包干他那事。昨天用马甲在进化群里问画树，我还热心贴个代码给他，说看不懂，我在群里说了，我写个文详细介绍一下。然而他的马甲身份暴露啦，所以今日跳票，我写好的文也不发了，你牛逼就不要用马甲来骗代码呀，ggtree没用你不要用呀，叔就是这么任性😎
之前讲过某个R包我一看一堆bug，直接放弃，今天倒是拿出来晒一下，不为别的，我只想说一句，一知半解是很危险的，盲目相信软件也是很危险的。
接下来要出一个ChIPseq系列，讲一讲ChIPseq和我的ChIPseeker包，从入门到放弃是我自己的个人写照。我做ChIPseq总共也就3个月的时间，做的事情并不多，在一知半解的情况下写下了ChIPseeker包。
我当时被要求做ChIPseq分析是为他人做嫁衣，而且是完全白干那种，但做为学生，白干也得干。
当时一开始使用ChIPpeakAnno做注释，但用UCSC genome browser检验结果的时候，发现对不上。在对ChIPpeakAnno包不满意的情况下，开始着手写ChIPseeker，其实在使用ChIPpeakAnno的时候，我就有写代码对结果做一些可视化，所以未有ChIPseeker先有ChIPseeker的部分可视化功能。当时写了篇博客文说ChIPpeakAnno的问题，一个月后就在Bioconductor上发表了ChIPseeker，这包完全是我半夜在宿舍里写出来的。
Hi,
I know this question has been asked before a long time ago and I don’t see an answer of that question in the mailing list or in the vignette of GOsemsim package. So I was wondering what is the easiest possible way of calculating GO semantic similarity value for orthologus gene pairs between two species using the above R package or any other package you know of. I am not doing this for less annotated species I need to calculate that for orthologus genes between Human and Mouse (both of which are well annotated IMHO). So I would much appreciate it if anyone who has already done this before can point me to a resource which already has pre-calculated semantic similarity values for Mouse and Human orthologues or has inbuilt code to do that.
Thanks & regards
这是Bioconductor support site上的问题，问的是他想要计算人类和老鼠的直系同源基因通过GO注释来计算语义相似性，问GOSemSim是否支持，这个答案是yes and no。
这个问题是以弗拉维奥·约瑟夫斯命名的，它是1世纪的一名犹太历史学家。他在自己的日记中写道，他和他的40个战友被罗马军队包围在洞中。他们讨论是自杀还是被俘，最终决定自杀，并以抽签的方式决定谁杀掉谁。约瑟夫斯和另外一个人是最后两个留下的人。约瑟夫斯说服了那个人，他们将向罗马军队投降，不再自杀。约瑟夫斯把他的存活归因于运气或天意，他不知道是哪一个。 – https://zh.wikipedia.org/wiki/约瑟夫斯问题
这是一个比较简单的问题，n个人围成圆圈，越过k-1个人，杀掉第k个人，如此反复直到只剩下最后一个人。可以用数学推导给出答案，问题本身已经足够简单，用链表可以模拟整个过程。实现起来比较直观。这里在初始化这个链表的时候，需要注意，到了最后一人的时候，他应该指向第一个人，这样才能形成一个环状的链表，然后问题就非常简单了，从第一人开始，后面就无所谓头和尾了，按照规则来，每次杀掉一个人，直到只剩下最后一人，就是结果。从维基的解释可以看出，最后两个人没死，这没节操的事情被拿来说，如果你数学好，你就可以救自己一命（站在合适的位置，让自己是最后一个）。
