发现Youtube上有一个视频叫Evolution of clusterProfiler, 是Landon Wilkins用Gource做的。于是我也来玩一下,看一下自己这几年码代码的过程。
第一次写软件包,计算基因和GO的语义相似性。
实现Wang的方法,基于GO的图结构。 以及四种基于信息含量的计算方法(Resnik, Jiang, Lin, Rel)。
可以从Bioconductor下载到。 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GOSemSim.html http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/GOSemSim.html
支持human, rat, mouse, fly, yeast, zebrafish,worm, E coli, arabidopsis等物种。