小密圈的问题，不是三两句话可以说明白的事情，必须要写文来解答，上一次写文是《听说你还不会画热图》，里面正好吐槽了某知乎大V的「除了ggplot2之外其它都是鸡肋」，这次正好也可以再次呼应一下。
这个图明显是R的base graphics做的，图是可圈可点的，能做出这图来，也已经是告别了只会用plot的低级趣味。这其实是4个图拼起来的，第一个图只是多了个y轴而已，它们画起来是一样的，那就是只画boxplot，不画x和y轴，（你可能会说不是有x轴？），x轴是后面再加上去的，而且加x轴的时候，不写labels，只有线条没有文本（你可能又会说明明有文本！），因为axis这个函数只支持labels要么是水平的，要么是垂直的，旋转某个角度是不支持的，所以labels是额外再打上去的。这里一张小小的图，门道还是挺多的。
生物坑很多人画图只会直方图，统计只会T检验，在暨大见过太多的学生连T检验都不会，分不清SEM和SD的差别，也不清楚T检验那几个简单参数的含义。我写统计笔记也是因为不想重复性地跟学生讲解T检验。
Barplot和T test一样普遍而流行，barplot适合于表示计数数据和比例，显示比例也可以用pie plot，但直方图比饼图要好，因为人类的眼睛适合于比较高度，而不是弧度。
多半时候生物学数据并非简单的计数数据，对于测量数据，在展示数据分布时，很多人会使用他们熟悉的barplot，用高度来表示mean，然后再加上errorbar，这样展示数据，信息量是非常低的，使用boxplot能够提供更多的数据分布信息，能更好地展现数据，但可能很多人只会在excel里画barplot，Nature Methods 2013年的文章中有100个barplot图，而只有20个boxplot图，从这里就可以看出来，用boxplot的人远远没有barplot多，于是NPG怒了，写了两篇专栏文章Points of View: Bar charts and box plots和Points of Significance: Visualizing samples with box plots并且发表了一篇BoxPlotR: a web tool for generation of box plots方便大家画boxplot，如此简单的web tool能够发Nature Methods，实在是让人羡慕妒忌恨啊。
