画个小圈圈

之前我发表读书笔记《主成分分析

这可能是你见过最好看的PCA图了,有人在「宏基因组」群里问有没有什么包可以画?像这种提问,我以前是吐槽过的,请猛击《如何画类似MEME的注释序列》,当然说什么都没用,大家就是喜欢凡事问有包吗?因为包治百病嘛,不信你送个包给你女票试试!

jimmy回答说ggbiplot可以画差不多的,于是「宏基因组」公众号立刻就出来一篇《ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关》,后面又有人提问,能不能加两个置信区间?@Chenhao童鞋就给出了解决方案,并且写了篇博客文介绍.

他的作图是基于ggord包,只能应用于LDA,于是「宏基因组」公众号又跟进发一篇《比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord》,你会发现他们介绍同一类型的作图,一会这个包,一会那个包,一会某包有A功能,某包又有B功能,我就不说什么了。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong