说到世界杯,我是不追的,但1998年法国世界杯我还是有印象的,那时候读初中的我,一直在集邮,那年代没有网购,通讯基本靠吼,当年的我已经是个老司机了,通过邮政汇款,买了好多东西,包括1998年世界杯从法国寄往中国的首日封,当然锁在老家的柜子里,尘封多年,所以我现在也没办法随手拍一张照片给大家分享。

另一件事,同样是1998年,那年升高一,开学第一天,老师让大家自我介绍一下,有位帅哥在见面第一天,就立了flag,说自己中考没考好,是因为看世界杯了,他高考必定要怎么样怎么样,毕竟世界杯是四年一次。你一个交钱进学校的学渣,牛逼吹大了,我印象深刻,所以我后来留意了一下这家伙高考上了那家高校,结果是「中山大学网络教育学院」,也就是电视大学!真的是情节反转如疾风!

转发5个群,Y叔送你一顶帽子》这一篇文章写的是加圣诞帽子,但你要加个C罗、梅西,有什么差别吗?没有!你要加某球队的队服,有什么差别吗?没有。所以要制作世界杯专属头像,已然可以用ggimage纯代码生成。

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github被微软收购

微软以75亿美元收购全球最大的单身交友网站GitHub,应景分享一张图片,其实这图大家并不陌生,在《听说你还不会画热图》一文中,大家早已见过。

这图实在太好玩,被套在各种场景上,今天就要教大家怎么用R,纯代码生成这样的图,简直是吐槽神器。这类图可以归入meme,画meme,当然少不了我写的meme包,这包收录在CRAN中,点击下面链接了解一下:

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这是CJ在我的星球里分享的一个关于饼图的实现方式,代码的排版太差,还有一点是对于普通用户来说,还是有点难度,如果是我,必须是写成函数,直接出图。

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这是去年「知识星球」里的提问,「知识星球」相当于是众筹我一年的时间,向我提问,请谨慎入坑。

我当时就写了一个函数ggvenn,这个函数其实包装了venneuler,但由于venneuler依赖rJava,而很多小伙伴不会装rJava,而因此装不了yyplot,所以我去掉了这个依赖,但如果你想要用ggvenn这个函数,请自行安装rJavavenneuler。其实还有另外一个包,VennDiagram,它的输出是gList,所以可以直接封装为ggplot2图层,然而对于画venn plot,我并没有太多的兴趣,《CS6: ChIPseeker的可视化方法(中秋节的视觉饕餮)》一文中介绍的upset plot,可能更好一些。

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这是小伙伴的命题作文,下面这个数据是曾老湿给出来的,其中header行竟然放在了最后一行,我手工把它挪到了第一行,里面还有一个数据缺失的,会导致读了数据后会有NA值,需要去除。

$ file summary_ATAC_seq_motif.xlsx                                                                                     
summary_ATAC_seq_motif.xlsx: Microsoft Excel 2007+

这是一个Excel文件,我们可以用readxl来读:

require(readxl)
x <- read_xlsx("summary_ATAC_seq_motif.xlsx")

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小伙伴提出了上面的问题,点不能够打到violin里面去,即使加了aes(group=color)强行分组也不行。这个照理第一感觉都会觉得可以,但试一下都会发现不行。

library(ggplot2)
d = subset(diamonds, color %in% c("D", "E"))
ggplot(d, aes(cut, carat, fill=color, color=color)) + 
    geom_violin(alpha=.3) + geom_jitter(width=.05, alpha=.5)

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很多人都在学ggplot2,也有很多「高手」,比如你搜索「精通ggplot2」,你甚至会看到各种「从入门到精通」的课程,然而都是各种照猫画老虎的入门菜谱而已,当然广大群众去上课也可能只是为了求菜谱好在需要的时候,可以copy-paste而已。

ggplot2学习容易,因为无非是图层叠加,而图层的参数一致性非常好,网上也有很全的文档。然而要深入很难,比如你想干点什么是ggplot2自身没有支持的,你需要自己去hack,需要用到更底层的东西的时候,一般情况下,会无从入手,尝试之后才知道什么叫绝望!因为ggplot2套路实在是太深。

正如我在《听说你还不会画热图》吐槽的,有些所谓的「高手」实际上连ggplot2底层是什么都不知道!然后可以把ggplot2吹上天。很多人根本不知道当你打下ggplot这个命令的时候,到底发生了什么?要理解ggplot2并不容易,正如前面所说「套路太深」,没有金钢钻,读不了它的代码,有没有一个简单点的包,能够读懂代码,并且有助于理解ggplot2呢?我想我的meme包就非常好,虽然仿的有点肤浅,然而胜在简单,看过下面这两篇文章的,都知道这个包在做什么。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong