R总给我惊喜

July 11, 2018 in R

Hello! First of all, I would like to thank you for this wonderful and very powerful package!

I have tried to plot a phylogenetic tree with heatmap of associated matrix (with gheatmap). I found that the row names of matrix doesn’t exactly match to the tip names of tree in case if there is missing data in associated matrix. In other words, if we have two species (e.g., Species198 and Species1981), but only one of them is represented in the associated matrix, we will have colored cells for both species in the heatmap.

Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong

no post found

那些我讲过的oral

Apr 4, 2019

2016潮博沙龙

《潮博沙龙》系受到潮博群里大家的邀请，应邀去普及一下生信以及介绍自己的一些经历。

2016中国R语言大会

中国R语言大会，我到目前为止，只参加过2016年那一次，也就是第9届，那也是首次有Bioconductor分会，并且还邀请了bioconductor的老大martin morgan，我当时也是受邀请去参会的，虽然会议在人民大学举行，虽然主会场和其它分会场都是讲中文，但bioconductor分会场是要求讲英文的。因为主讲人一半是歪果仁，一半是中国人，而3个中国人之中又有两个是美帝来的，只有我一土鳖。本来邀请人跟我提了一下ChIPseeker，暗示可以讲这个包，但我强行去讲ggtree，然后会后，很多听众问我clusterProfiler的问题，也是挺尬聊的。

我不会用illustrator，只会用ppt！

Apr 4, 2019

当年我准备考博的时候，健康院某PI（本来的意向导师）找我帮他在iMac上安装盗版的Papers（文献管理器）和Illustrator（PS的兄弟），安装后，跟我说：“我们做科研的，最重要的软件就是Papers和Illustrator。”，当然后来感觉挺坑我，就放弃了。

这么多年过去了，至今这两个软件我都没用过！我画图，追求的是全部由代码产生，至今还没有修图的需求，也就没有试过Illustrator了。

Illustrator必须有些门槛，而且关键是Adobe绑死在PDF上，实际上如果80%的问题都可以用PowerPoint解决，剩下那20%，反正也不常用。而PowerPoint的优点是没有门槛，傻瓜式操作，像我这种怀疑自己智商的人，都会用啊！

要是R画的图，能够在PowerPoint里面编辑就好了！

biobabble的作者们

Mar 3, 2019

在《R-3.6 – set.seed》和《欧式距离如何应对缺失值？》中暴露了biobabble作者群，今天就来揭秘一下。

凡是给本公众号投过稿，或者是被我约过稿的，都会被我拉入群，目前在群里有8个小伙伴，分别是有原创文章发表在biobabble公众号的，其中有介绍自己的软件工具的，包括scihub_ck，csvtk，bioView, basicTrendline等优秀作品，首次在公众号平台上介绍。

欧式距离如何应对缺失值

Mar 3, 2019

biobabble作者群有一个小伙伴提出来的问题。

没错，凡是给biobabble投稿的小伙伴都会被拉入作者群。

话说有一个矩阵，我们让它某个值缺失，算出来的距离和原来的竟然是一样的：

> dat = matrix(1:10, 2)
> dist(dat)
         1
2 2.236068
> dat[1,1] = NA
> dist(dat)
         1
2 2.236068

这有点反直觉，实际上你再搞个缺失值，它算出来还是一样的：

> dat[1,3] = NA
> dist(dat)
         1
2 2.236068

但以我的经验，我通常不敢轻易说人家有bug，我们得确认一下。

ggupset -- ggplot2版本的upset plot

Mar 3, 2019

在《一图告诉你venn plot和upset plot的关系》一文中，我们应该很清楚这两者的关系，upset plot是更清晰的呈现方式，而且能够支持无数多个分类，在《转UpSet图为ggplot?》一文中，又介绍了一个转化UpSetR输出为ggplot2便于嵌图和拼图的方法，但这个需要一个补丁，然后我提交的这个补丁，一直没有被作者接收。而且毕竟UpSetR是用grid写的，像grid这种高级货，玩起来还是有点难度，我一直在想应该有一个ggplot2版本的upset plot，最近就让我在gayhub上发现了。

这包已经在CRAN上，所以可以用最简单的方式安装：

install.packages("ggupset")

library(tidyverse)
library(ggupset)

tidy_movies %>%
  distinct(title, year, length, .keep_all=TRUE) %>%
  ggplot(aes(x=Genres)) +
    geom_bar() +
    scale_x_upset(n_intersections = 20)

你还在愁毕业？隔壁实验室的小哥从网上抄了几十行代码打了个R包，发了SCI，毕业了！

Mar 3, 2019

你是否对《R包辣鸡之CorMut》之篇还有印象？没有的话，快点打开阅读一下，这文章让作者毕业了，毕竟发表的是一篇Bioinformatics。

《[连载3]：辣眼睛，一篇抄袭引发的系列血案！》，而这一篇文章中揭露了某讲师抄袭了两个R包，晋升副教授了！文章中还稍带了另外一个学生也是抄袭，当然也发表了SCI，也毕业了。

今天讲另外一个R包，它做下面的事情：

当然前面的事情是goseq干的，它的功能就是衔接了goseq的输出，让我们还看看它每一步都在做什么。

港校申请指北：考研考博失利之后的另一选择

Mar 3, 2019

最近有一些考研失利的同学问我怎么申请香港的学校，其实我的经验并不多，因为我读博的时候，并没有想要去香港，在港大临近截止日期的时候，很突然地去申请，然后竟然中了。当然毕竟在港大也待了几年，要说经验，多少也是有一点的。

为什么港校是一个选择

美帝的话，基本上可以说已经没机会了。要的话，再过一年，请赶早。欧洲还是有些机会的，因为欧洲读博就跟工作似的，有时候有funding了，打了广告，就招人了。只不过你要时刻去留意，而且不一定能让你撞上。

而港大（其它香港学校我不了解），每年招3轮学生，分别在12月、4月、8月，刚好如果你考研或考博之后，不管考得好不好，都可以试一下，给自己多一个选择，因为4月31号截止，时间不冲突，完全赶得上。

听说你想把pheatmap和ggplot2拼在一起

Mar 3, 2019

在《一个更好用的pheatmap》一文中介绍了pheatmap的新功能，它输出为一个pheatmap的对象，这个对象在终端上打出来，会出来图，你可以用ggplot2::ggsave()来保存图片，文章的结尾处卖了一个关子，就是用cowplot来拼，这个有许多人问过我，因为大家一般都认为cowplot只能用于ggplot2的输出，pheatmap感觉好像不太行，而且在很多人的感觉中，画图代码不是ggplot2写的，就是base写的，而pheatmap看上去就像是base一般，其实它是grid写的，我在下面两篇文章中都有示例代码，用于拼pheatmap，不过一般人看过了，也只是留下一点印象，终究还是记不住，因为涉及到grid的知识。

现在我们有一种你一定能记得住的方法了，以后再也不用问pheatmap怎么拼图了，首先pheatmap产生的是一个对象，然后这个对象我们可以用ggplot2给画出来，然后自然而然你能够用cowplot去拼，再熟悉不过了，如果这都不能理解记住，那我也没办法了。

请问，你是要我帮你google吗？

Jan 1, 2019

怎么提问，是需要学习的

我写过不少文章，都有提及提问的礼仪，会提问的人，比较容易得到帮助，而不会提问的人，理你才怪，比如说明明出错信息很明显，还给了你解决的提示而你却不看。举个例子现在需要编译的R包，如果缺少库文件，报错的话，一般会提示你Debian/Ubuntu系列apt安装什么包，Redhat系列yum安装什么，MacOS的话，brew安装什么，你按照提示装上再说，你不懂的话，你还不会把出错信息贴出来google一下吗？一般都有人解决了。一个错误的示范

clusterProfiler事后丸: 转换ID为SYMBOL

Jan 1, 2019

有一些软件做了检验之后，是不告诉你那些基因在某个富集的通路中，显然做为生物学家，是对此有兴趣的。clusterProfiler系列，全部函数都会输出，但看基因ID，比如ENTREZID或ENSEMBLE，这些都对人类不友好，看了你也不知道是什么，为了让大家看结果的时候，还能有点感觉，我们需要把基因翻译成symbol，有那么一批函数比如DO、GO、Reactome的分析都是有readable参数的，但有一些是没有这个参数的，我被问得最多的是KEGG的分析为什么没有！

首先GO为什么有？因为enrichGO和gseGO都是使用OrgDb，而OrgDb本身带有ID转换的注释，而KEGG是在线去检索KEGG数据库的，KEGG并没有提供这些信息，当然对于少量大家比较熟悉的模式生物，要支持还是很容易的，然而有些物种支持，有些不支持，大家又会问了，凭什么我做的物种被BS了。所以啊，大家都不支持，挺公平。其实KEGG数据库里那么多的生物，很多物种是没有基因名的，有很多生物的注释还停留在基因座，你让我帮你转ID，臣妾做不到啊。

但起码对能支持的物种支持一下呗，以我一贯的作风，能帮小白解决的小问题，我都会去解决。于是我们有setReadable函数。但凡你能找到一个OrgDb，你就能用来转ID，就这样。