试想一下,每次重装系统,都要安装一堆常用的小软件,7zip, notepad++, filezilla, winrar等等,每次都要搜索下载地址,下载,安装,摆明了是木兰要从军一般,“东市买骏马,西市买鞍鞯,南市买辔头,北市买长鞭”,当然Windows现在也有各种软件管家之类的软件,但很多是流氓软件,要带各种全家桶的,我宁愿自己来一次木兰从军记。

大家都喜欢Linux的包管理,比如apt-get,而OSX也有homebrew,可以brew install一大票Unix-like的软件,而Windows用户只有羡慕的份,上面提到的流氓软件管理,当然也是装不了Unix-like软件的,所以我们羡慕,我们妒忌,外加恨!


今天要跟大家介绍一个为windows设计的包管理器,Chocolatey,有了它,你也能choco install wget, choco install docker这样装软件了,不用再羡慕水果用户,不用再木兰从军般装软件了。

Chocolatey is a package manager for Windows (like apt-get or yum but for Windows). It was designed to be a decentralized framework for quickly installing applications and tools that you need. It is built on the NuGet infrastructure currently using PowerShell as its focus for delivering packages from the distros to your door, err computer.

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无中生有windows版R包

之前帮助高老师实现比对序列的做图,把代码打包为R包seqcombo,方便安装使用。花两小时的作品,发现还有些用户在使用 -,-

之前有人联系我说安装不上,我觉得不应该有这个问题,因为是纯R代码代码,不涉及到编译,源码包安装不应该有问题。但既然有人问,又都是windows用户,我想可以给他们提供编译好的windows包,简化安装过程(这么体贴用户,我都要被自己感动了)。

放在CRAN或Bioconductor上的R包,CRAN和Bioconductor会编译出不同平台的二进制包,但seqcobo放在github上,只有源代码,没有预编译好的包,但没有不是问题,我编译好放上去就行了。

但问题是我没有windows!多年来一直是OSX和linux,MacBook Pro跑Arch Linux,一台iMac跑OSX,我自己根本没有跑windows的机器,所以难为无米之炊,借台机器总是有的,但总不能每次一更新,就拷个代码去别人的机器上打包,再拷回来上传到网上,想想也是蛋疼。

所以没有windows,这事干起来还不太容易,!在想怎么来无中生有生出个windows包出来的时候,我想起了rhub,也是因为没有windows,之前就用rhub来进行windows平台的R check,在把代码push到CRAN或Bioconductor之前,我总会测试没问题了,再提交代码过去,而rhub正好可以给我提供windows平台的检测。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong