Virtual Network Computing (VNC) is a special way to remotely control a computer. Like Secure Shell (SSH), a computer user can login to a remote machine on the network and execute commands and access files on the system. However, VNC displays the remote system’s desktop while SSH displays a terminal shell. It may be beneficial to learn more about VNC and similar technologies.
notifier包实现了跨平台的桌面提醒功能，当然它是调用了外部的命令，比如windows使用了toaster，老版本windows使用的是notifu，在linux下使用notify-send，而在OSX下，则调用了terminal-notifier，通过了简单的封装之后，就可以给桌面发布消息提醒了。
比如：
library(notifier)
notify(
title = "15 Packages out of date",
msg = c("You can run update.packages() to update them.",
"Outdated packages: Boom colorspace desc memuse networkD3",
"pbapply revealjs rgl rmdformats timevis and 5 more")
)
效果如下：
本文介绍了ggimage包，允许在ggplot2作图时嵌入图片，并支持aes映射，可以把离散型变量映射到不同图片。目前有几个包可以使用图片嵌入做图，但都是针对特定的场景，这里使用ggimage来展示在这些特定领域里的应用，ggimage的设计是通用的，并不被特定场景所限定，文末又介绍了用R图标来画出R、用饼图来画气泡图等实例。
R 基础图形库（base graphics）可以在做图的时候嵌入图片，使用的是graphics::rasterImage：
imgurl <- "http://phylopic.org/assets/images/submissions/295cd9f7-eef2-441e-ba7e-40c772ca7611.256.png"
library(EBImage)
x <- readImage(imgurl)
plot(1, type = "n", xlab = "", ylab = "", xlim = c(0, 8), ylim = c(0, 8))
rasterImage(x, 2, 2, 6, 4)
制作了一个banner，用来插入到文后，方便阅读到最后的时候，直接扫描关注。
这图当然用PS一下就可以得到，无非是拼图和加点文字。但做为天天写代码画图的人来说，必然是要纯代码来产生的，而且做科学的人，讲究自动化、可重复性。
就像有些人不理解data scentist为什么讨厌excel一样，觉得无非是工具，没什么好搞阵营的。试想一下，一个分析流程中间有一步要用到excel，需要人工去点点鼠标，这对于讲究自动化、可重复性的data scientist来说是不可接受的。
为了打几个中文字，需要先加载字体，这里我用showtext。
require(showtext)
font.add("heiti", "/Library/Fonts/华文黑体.ttf")
showtext.auto()
比如下面的代码：
require(ggplot2)
d <- data.frame(x=c(0, 0.002, 0.00575), y = 1:3)
p <- ggplot(d, aes(x, y)) + geom_point() + xlab(NULL) + ylab(NULL)
print(p)
上面图中x轴的文本0.006，这个数字中的6几乎看不到，因为一半过界了。
在上一篇文章中，我用了TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene。 hg19的TxDb, 或者有人就要问了，为什么不用hg38？
这个问题，不是说要用那一个，不能用那一个。而是你必须得用某一个，这取决于你最初fastq用BWA/Bowtie2比对于某个版本的基因组，你最初用了某个版本，后面就得用相应的版本，不能混，因为不同版本的位置信息有所不同。
当然如果要（贵圈喜欢的）强搞，也不是不可以，你得有chain file，先跑个liftOver，实际上就是在两个基因组版本之间做了位置转换。
背景注释信息用了TxDb就能保证所有物种都支持了？我去哪里找我要的TxDb?
我写ChIPseeker的时候，我做的物种是人，ChIPseeker在线一周就有剑桥大学的人写信跟我说在用ChIPseeker做果蝇，在BED文件一文中，也提到了最近有人在Biostars上问用ChIPseeker做裂殖酵母。
首先Bioconductor提供了30个TxDb包，可以供我们使用，这当然只能覆盖到一小部分物种，我们的物种基因组信息，多半要从UCSC或者Ensembl获得，我敢说支持所有物种，就是因为UCSC和ensembl上所有的基因组都可以被ChIPseeker支持。
因为我们可以使用GenomicFeatures包函数来制作TxDb对象：
面向对象有多种实现方式，R里面就有3种，class-based, method-based, object-based，R6与C++/JAVA一样是class-based的，S3/S4是method-based的，还有一种是object-based的，这在proto包中实现，很多人可能没听说过，但是ggplot2你们一定听过，ggplot2就是object-based的实现，它现在是自己的定制实现，称之为ggproto。
emojifont就是用proto实现的，属于我的练手之作，很高兴深受大家的喜欢。
