http://blog.devtang.com/2017/03/05/how-to-get-help/ 这篇文章讲问问题的礼仪，会问问题的人容易得到别人的帮助，并不是作者拽，而是对着一群不会问问题，且一副理所当然的用户，早就有了深深的无力感，也看看我写的这篇吧，https://guangchuangyu.github.io/2016/07/how-to-bug-author/.
这是前几天的文字推送，不知道大家有没有阅读这两篇博客文？如何提问，这是一项重要的技能，很遗憾很多人并没有这项技能！
就在上周，我正好就在微信群里跟某位老师说不要给我个截屏，说能不能在ggtree里实现某功能。懂的人知道，我只是希望大家用正确的方式来做事情，不懂的人，当然觉得我拽，JJYY什么的。
这一次讲解非常重要的peak注释，注释在ChIPseeker里只需要用到一个函数annotatePeak，它可以满足大家各方面的需求。
当然需要我们上次讲到的BED文件，ChIPseeker自带了5个BED文件，用getSampleFiles()可以拿到文件的全路径，它返回的是个named list，我这里取第4个文件来演示。annotatePeak的输入也可以是GRanges对象，你如果用R做peak calling的话,直接就可以衔接上ChIPseeker了。
> require(ChIPseeker)
> f = getSampleFiles()[[4]]
巧妇难为无米之炊，就像拿到fastq要跑BWA，你需要全基因组的序列一样，做注释当然需要注释信息，基因的起始终止，基因有那些内含子，外显子，以及它们的起始终止，非编码区的位置，功能元件的位置等各种信息。
很多软件会针对特定的物种去整理这些信息供软件使用，但这样就限制了软件的物种支持，有些开发者写软件本意也是解决自己的问题，可能对自己的研究无关的物种也没兴趣去支持。
然而ChIPseeker支持所有的物种，你没有看错，ChIPseeker没有物种限制，当然这是有前提的，物种本身起码是有基因的位置这些注释信息，不然就变无米之炊了。
这里我们需要的是一个TxDb对象，这个TxDb就包含了我们需要的各种信息，ChIPseeker会把信息抽取出来，用于注释时使用。
> require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
> txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
> x = annotatePeak(f, tssRegion=c(-1000, 1000), TxDb=txdb)
>> loading peak file... 2017-03-09 11:29:18 PM
>> preparing features information... 2017-03-09 11:29:18 PM
>> identifying nearest features... 2017-03-09 11:29:19 PM
>> calculating distance from peak to TSS... 2017-03-09 11:29:20 PM
>> assigning genomic annotation... 2017-03-09 11:29:20 PM
>> assigning chromosome lengths 2017-03-09 11:29:42 PM
>> done... 2017-03-09 11:29:42 PM
这里需要注意的是，启动子区域是没有明确的定义的，所以你可能需要指定tssRegion，把基因起始转录位点的上下游区域来做为启动子区域。
有了这两个输入（BED文件和TxDb对象），你就可以跑注释了，然后就可以出结果了。
BED的全称是Browser Extensible Data，顾名思义是为genome browser设计的，大名鼎鼎的bedtools可不是什么「床上用品」。
BED包含有3个必须的字段和9个可选字段。
三个字段包括：
这里必须指出的是chromStart是起始于0，而不是1。很多分析软件都忽略 了这一点，会有一个碱基的位移，据我所知Homer和ChIPseeker没有这个问题，而像peakAnalyzer, ChIPpeakAnno等都有位移的问题。
可选的9个字段包括：
上次讲了OSX版BioEdit，还蛮受欢迎，说到下载工具，linux的小伙伴们都想用迅雷，有没有？毕竟大家都想耍流氓。许久没打开迅雷，今日一打开，发现被学校给墙掉了。大写的杯具啊！
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Thunder.Xunlei
Category: P2P
老司机不能偷偷地下片 了，唯有分享出来，带大家上车。还好我有一张半年前的截屏，不然连张图都没有。
小伙伴说注释不全，比如KEGG只有不到1万个基因有注释，但他一次RNA-seq出来的基因有2万多个，那其它没注释那1万多个岂不是扔了？！就某个通路来说，两种情况，要么属于，要么不属于这个通路。那1万多个应该放在背景里，不要扔。
我的解答是三种情况，1属于，2不属于，3不知道。对于缺失信息的，当然是扔。
BioEdit是一个Windows的程序，但在这里我要说的是苹果版！
BioEdit有很多的功能，当然基本上我是不会用的，然而其核心的功能，编辑序列比对，是没法回避的！因为根本找不到可以与之匹敌的软件！
神马！序列比对不都是clustalw, muscle, mafft这些软件生成完事吗？怎么还要编辑？！我只能说，年轻人，拿衣服啊。
这是生物技能树的一道习题，使用了base plot来画，做为补充，我使用ggplot2来重画一遍。
