第一次写软件包，计算基因和GO的语义相似性。
实现Wang的方法，基于GO的图结构。 以及四种基于信息含量的计算方法（Resnik, Jiang, Lin, Rel）。
可以从Bioconductor下载到。 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GOSemSim.html http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/GOSemSim.html
支持human, rat, mouse, fly, yeast, zebrafish,worm, E coli, arabidopsis等物种。
今天发现了一个软件包叫ntfs-config
This program allow you to easily configure all of your NTFS devices to allow write support via a friendly gui. For that use, it will configure them to use the open source ntfs-3g driver. You’ll also be able to easily disable this feature. Homepage : http://givre.cabspace.com/ntfs-config
Homepage of ntfs-3g : http://www.ntfs-3g.org
Sequence alignment by dynamic programming.
曲线f(x)有根c,取曲线上一点$(x_1,f(x_1))$, 过此点的切线交x轴$x_2$,过曲线上$(x_2,f(x_2))$的切线交x轴$x_3$，如此反复得到一个序列 $x_1,x_2,\cdot \cdot \cdot,x_n$ 逼近c值.
过$(x_n,f(x_n))$的切线方程为 $y-f(x_n) = f'(x_n),(x-x_n)$,假设此方程与x轴的交点为$x_{n+1}$, 即有: $0 - f(x_n) = f'(x_n)(x_n+1 - x_n)$， 即$x_{n+1} = x_n - \frac{f(x_n)}{f'(x_n)}$ <Eq. 1>.
下面利用此法来求一个数的开方。 $f(x) = x^2 - a$ 有根$\sqrt{a}$,
由$f'(x_n) = 2x_n$, 代入式<Eq. 1>可得$x_{n+1} = (x_n + a/x_n)/2$; 当i -> INF 时, $x_i$ -> $\sqrt{a}$;
#cd /usr/pkgsrc/wip-cn
#tar xjvf eva.tar.bz2
#cd eva
#make install clean
就可以啦。在我的机子（NetBSD 3.0.1 macppc）上测试通过。。 更新到eva-20070327
